结论前置：加盖三层是否算违建，核心在于是否履行了合法的审批程序、是否符合规划要求以及是否确保了结构安全。未取得建设工程规划许可证或未按许可及规划要求进行建设，或未确保结构安全，通常会被认定为违建。

详细分析：

1. 合法审批的必要性：

   • 根据《中华人民共和国城乡规划法》及相关法律法规，在城市、镇规划区内进行任何工程建设，包括房屋加盖，都必须向当地城乡规划主管部门申请办理建设工程规划许可证。若未取得此证而擅自加盖三层，将构成违法建筑。
   • 除了规划许可证，施工许可证等其他相关证件也是必要的。这些证件的取得，确保了加盖行为符合城乡规划和建筑安全标准。

2. 规划要求的遵守：

   • 加盖的三层必须严格遵守规划条件，如土地使用性质、建筑高度限制、建筑间距、建筑风貌等。若加盖后违反了这些规划要求，如影响了周边建筑的采光、通风、景观等权益，同样会被认定为违建。
   • 特别是关于建筑高度的限制，若所在区域有明确的规划标准（如限高、风貌控制等），在加盖前必须确认加盖后的总高度及风貌是否符合规定。

3. 结构安全的考量：

   • 加盖三层可能涉及原房屋主体结构和承重结构的重大变动。因此，在进行加盖前，必须进行专业的结构安全评估，并确保得到相关部门的批准。
   • 若加盖过程改变了原房屋的结构且未经批准，或加盖后导致房屋存在安全隐患，这种加盖行为也是不被允许的，并可能被认定为违建。

4. 政策规定的遵循：

   • 部分地区可能有针对房屋改造、加盖的特殊政策或限制。在进行加盖前，应详细了解当地的法律法规和政策规定，确保自己的行为符合政策要求。
   • 如果当地政策允许在一定条件下对房屋进行加盖，并且业主按照政策要求操作（如申请审批、符合规划、确保安全等），那么加盖行为就是合法的。

5. 实际案例的警示：

   • 有实例表明，业主擅自加盖三层被邻居投诉，经执法人员确认存在违法修建现象后，被要求立即停止违法搭建并限期拆除违法建筑。这进一步强调了合法审批和遵守规划要求的重要性。

建议与指导：

• 在进行房屋加盖之前，务必咨询当地相关部门或专业人士的意见，了解具体的审批流程和要求。
• 确保所有手续齐全并符合规划、安全要求后再进行加盖，以避免不必要的法律风险和损失。
• 如已进行加盖或计划加盖，但存在合法性问题或安全隐患，应尽快咨询专业律师或相关部门，寻求合法的解决方案。