您好，关于您提到的2025年6月份补缴医保费用后何时生效的问题，这主要取决于您所在地的具体医保政策以及补缴的具体情况。以下是根据一般情况和您提供的参考信息给出的解答：

首先，对于城乡居民医疗保险，如果在集中参保缴费期内（通常是每年的某个固定时间段，如2024年10月8日至2024年12月31日）缴费到账，那么参保人员将自次年1月1日至12月31日享受医保待遇。然而，如果您未在集中参保缴费期内缴费到账，那么根据一般规定，自缴费到账之月起将计算2个月的待遇等待期。这意味着，如果您在2025年6月份补缴医保费用，并且之前未处于集中参保缴费期内，那么您的医保待遇将在缴费到账后的第3个月开始生效。

另外，您提到的关于深圳市医疗保障办法中的连续参保时间计算问题，虽然这与医保补缴生效时间不完全相关，但也可以为您提供一些参考。根据深圳市的规定，如果参保人在一个医疗保险年度内累计中断参保不超过3个月，并重新缴费，那么中断前后的连续参保时间是可以合并计算的。这意味着，如果您在2025年度内中断了3个月（如2月、3月和5月）未缴费，但在6月份补缴了这些月份的医保费用，并且之后正常参保缴费，那么您的连续参保时间将合并计算，不会因为中断而重新计算。

综上所述，对于您2025年6月份补缴医保费用后何时生效的问题，具体生效时间将取决于您所在地的医保政策以及您之前的缴费情况。一般来说，如果未在集中参保缴费期内缴费，那么将需要等待2个月的待遇等待期后才能享受医保待遇。同时，也建议您咨询当地医保部门或相关机构以获取更准确的信息和解答。