针对您提出的问题“残疾人不在公司上班，单位缴纳社保合法吗”，首先我们需要明确的是，社保缴纳是基于劳动关系的存在而进行的。一般来说，如果残疾人并不在公司上班，即与公司不存在劳动关系，那么公司通常没有义务为其缴纳社保。
然而，这里也存在一些特殊情况需要考虑：
挂靠或虚拟劳动关系：在某些情况下，残疾人可能与公司达成某种形式的挂靠或虚拟劳动关系协议，虽然实际上并不在公司工作，但法律上可能视为存在劳动关系。在这种情况下，公司可能需要按照协议或法律规定为其缴纳社保。
公司政策或社会责任：有些公司可能出于社会责任或公司政策的原因，愿意为不在公司上班的残疾人缴纳社保，这是一种自愿行为，并不违反法律规定。
非法行为：如果公司未经残疾人同意，擅自为其缴纳社保，且双方并不存在实际的劳动关系，这可能涉及欺诈、虚假申报等非法行为，是违法的。
综上所述，残疾人不在公司上班时，单位是否为其缴纳社保需要具体情况具体分析。如果双方不存在劳动关系，公司通常没有义务为其缴纳社保。但如果存在特殊情况或公司自愿行为，并且符合相关法律规定，那么公司是可以为其缴纳社保的。
另外，值得注意的是，对于残疾人的社保权益，国家有明确的法律保障。如果残疾人确实在公司上班并且与公司建立了劳动关系，但公司未为其缴纳社保，那么残疾人可以通过与公司沟通、向社保经办机构或劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁、提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。