针对政府采购合同备案晚了的情况，您可以按照以下步骤进行处理：

首先，需要明确的是，政府采购合同备案超期确实是一个需要关注的问题，因为按照相关规定，采购人与中标、成交供应商应当在中标、成交通知书发出之日起30日内签订政府采购合同，并在合同签订之日起7个工作日内将合同副本报财政部门和有关部门备案。这是为了确保采购活动的合规性和透明度。

如果您已经错过了备案的截止时间，建议尽快与相关部门取得联系，说明情况并寻求解决方案。具体来说，您可以：

1. 联系财政部门或备案监管部门：

   • 向他们解释合同备案超期的原因，比如合同细节未及时确定、需要多次协商等。
   • 提供相关的证明材料，如中标通知书、合同签订时间证明等，以证明您的采购活动是合规的。

2. 了解备案超期的后果及补救措施：

   • 询问财政部门或备案监管部门对于备案超期的具体处理规定，包括是否会被处罚、是否可以补办备案等。
   • 根据他们的指导，尽快完成补办备案的相关手续。

3. 确保后续采购活动的合规性：

   • 在今后的采购活动中，务必注意遵守相关规定，确保在规定的时限内完成合同签订和备案工作。
   • 可以建立内部提醒机制，比如设置备案截止时间的提醒，以避免再次出现类似情况。

4. 考虑补充合同的签订：

   • 如果您需要追加与合同标的相同的货物、工程或者服务，并且不改变合同其他条款的前提下，可以与供应商协商签订补充合同。但请注意，所有补充合同的采购金额不得超过原合同采购金额的10%。

最后，需要强调的是，虽然备案超期可能会带来一些不必要的麻烦和后果，但只要我们积极面对并尽快采取措施进行补救，通常还是能够得到相关部门的理解和支持的。因此，建议您不要过分担心或拖延处理时间，而是尽快行动起来解决问题。