合同档案在归档与整理时，通常是以“件”为单位进行管理的。这里的“件”指的是一份完整的合同及其所有相关的、具有保存价值的文件材料的集合体。具体来说，合同档案可能包括合同审批单（会签单）、合同盖章版正本、相关附件等，这些文件材料共同构成了一份完整的合同档案。

在整理合同档案时，会按照年度和分类号进行分类，并为每一份合同档案赋予一个唯一的档号，这个档号通常包括全宗号、年度、分类号和件号等部分。例如，“B0030092—2019—1401—0001”就是一个档号的示例，其中“B0030092”可能是全宗号，“2019”是年度，“1401”是分类号，“0001”则是件号。

归档文件需要按件装订，较薄的归档文件可以用不锈钢订书针装订，而较厚的归档文件则可以用线绳三孔一线的方式在左侧装订。装订好的归档文件会按照件号顺序装入档案盒，并填写档案盒的封面、盒脊及备考表项目。不同全宗号、年度、保管期限、分类号的归档文件需要分别装盒，以便于管理和查找。

此外，对于电子文件形式的合同档案，也需要按照归档范围表将需要数字化的纸质文件扫描或准备相应的电子文件，并以“件”为单位，为每一件单独建立文件夹，文件夹名称通常以档号命名，以便于电子档案的管理和检索。

综上所述，合同档案是以“件”为单位进行归档、整理和管理的，这样的管理方式有助于确保合同档案的完整性、准确性和可追溯性。