过户车登记证丢失后，车主最应担心的三个问题可能是：

一、补办流程的繁琐性：

虽然机动车登记证书的补办流程相对明确，但仍需车主本人亲自前往车辆登记地的车辆管理所进行办理，不能代办。这意味着，如果车主身处异地或者因其他原因无法亲自前往，就会面临一定的不便。同时，补办时还需准备相关的身份证明材料，如车主为个人的，需要携带机动车所有人身份证明原件；如车主为单位的，则需要携带单位的统一社会信用代码原件、机动车所有人授权委托书以及代办人身份证明原件。这些材料的准备也可能增加一些时间和精力上的负担。

二、车辆状态的限制：

并非所有情况下都能顺利补办机动车登记证书。如果车辆处于查封、锁定的状态，或者机动车在抵押/质押登记期间，补领登记证书就会受到限制。特别是车辆在抵押/质押期间的，需要机动车所有人和抵押/质押权人共同申请，这无疑增加了补办的复杂性和难度。

三、潜在的法律风险：

机动车登记证书是车辆的重要法定证件，它记录了车辆的基本信息和权属情况。如果登记证书丢失，可能会给车主带来潜在的法律风险。例如，在车辆过户、抵押等交易中，如果无法提供有效的登记证书，可能会导致交易无效或者产生纠纷。此外，如果登记证书被不法分子获取并用于非法活动，车主还可能面临法律责任和经济损失。

因此，车主在发现机动车登记证书丢失后，应尽快前往车辆登记地的车辆管理所进行补办，并妥善保管好补办后的登记证书，以避免上述问题的发生。