纪检组查办案件的流程是一个严谨且系统的过程，主要遵循《纪检监察机关派驻机构工作规则》以及《中国共产党纪律检查机关监督执纪工作规则(试行)》的相关规定。以下是该流程的详细解析：
一、线索管理与初步处置
线索收集与登记：
- 纪检组会指定专人负责管理涉嫌违纪和职务违法、职务犯罪的问题线索，逐件编号登记，并建立管理台账。
- 线索来源可能包括日常监督、群众举报、上级转办等。
线索处置：
- 纪检组会对收集到的问题线索进行综合分析、适当了解，并根据情况采取谈话函询、初步核实、暂存待查、予以了结等方式进行处置。
- 线索处置意见应当自收到线索之日起1个月内提出，并报派驻机构主要负责人审批，同时按照规定报派出机关备案。
二、立案审查与调查
立案审查：
- 经过初步核实，若认为存在需要立案审查调查的情况，纪检组会报派驻机构主要负责人审批。对于特定级别的领导干部，如驻在单位党组（党委）直接领导的党组织正职或副职领导干部涉嫌严重职务违法、职务犯罪的，还需报派出机关审批。
- 立案前，纪检组通常会征求驻在单位党组（党委）主要负责人的意见，如有不同意见，则报派出机关决定。
调查措施：
- 立案后，纪检组可以依规依纪依法采取一系列调查措施，如谈话、讯问、询问、留置、查询、冻结、搜查、调取、查封、扣押（暂扣、封存）、勘验检查、鉴定等。
- 对依法应当交有关机关执行的措施，需报派出机关审批并以派出机关名义办理。
- 纪检组还需对审查调查措施进行严格监管，建立措施使用台账，并定期将有关情况报派出机关案件监督管理部门、监督检查部门备案。
三、审理与处分
案件审理：
- 审查调查工作结束后，纪检组会按照规定进行审理，提出纪律处理或者党纪处分建议、拟作出的政务处分决定或者处分建议，并通报驻在单位党组（党委）。
处分决定：
- 驻在单位党组（党委）按照权限和程序，对违纪的党组织、党员作出纪律处理或者党纪处分决定。
- 纪检组按照管理权限，对违法的监察对象依法作出政务处分决定；如需建议驻在单位处分的，由驻在单位依法依规作出处分决定。
- 如纪检组提出的处理处分建议与驻在单位党组（党委）的意见不同且不能协商一致，则由纪检组报派出机关研究决定。
四、问责与移送
问责调查：
- 如纪检组发现驻在单位党组（党委）管理的党组织和领导干部失职失责造成严重后果或恶劣影响，需进行问责调查的，会报派驻机构主要负责人审批后启动问责调查程序。
- 问责调查需依规依纪依法进行，查明失职失责问题，并按照管理权限作出问责决定或向有权作出问责决定的党组织（单位）提出问责建议。
移送起诉：
- 对调查的监察对象和涉案人员涉嫌职务犯罪案件，经集体审议认为犯罪事实清楚、证据确实充分的，纪检组会依法依规移送人民检察院审查起诉。
五、纪检监察建议与整改
- 纪检组在查办案件过程中，如发现驻在单位在贯彻党中央决策部署、落实全面从严治党主体责任、开展党风廉政建设等方面存在突出问题或薄弱环节，会提出纪检监察建议。
- 纪检组还会加强对驻在单位问题整改情况的监督检查，督促其限期整改、反馈，推动纪检监察建议落实到位。
综上所述，纪检组查办案件的流程是一个包含线索管理、立案审查、审理处分、问责移送以及纪检监察建议与整改等多个环节的完整系统。每个环节都需严格遵循相关规定和程序，确保查办案件的公正、准确和高效。