您好，驾驶证记分周期结束后违章已全部处理但分数没有清零，这种情况一般是因为在清分日期当天或之后才缴纳罚款，或者存在逾期未缴纳的罚款。根据相关规定，机动车驾驶人在一个记分周期期限届满时，如果累积记分未满12分，那么该记分周期内的记分会在周期结束时清除。但是，如果累积记分虽未满12分，但有罚款逾期未缴纳的，那么该记分周期内尚未缴纳罚款的交通违法行为记分分值会转入下一记分周期。

为了避免这种情况，建议您在每年的清分日期前一个星期就处理完毕所有的违法行为，并确保罚款已经缴纳。如果不幸已经发生了这种情况，您可以通过“交管12123”APP的学法减分功能来尝试减免驾驶证记分。

另外，也请您确认一下自己的记分周期是否确实已经结束，以及是否有其他可能影响记分清零的情况，比如驾驶证状态异常、存在未处理的交通违法行为等。如果确认都没有问题，但记分仍然没有清零，那么您可能需要联系当地的交通管理部门进行进一步的咨询和处理。