出生医学证明在上户口时，其副页（第二联）会被公安户籍登记机关作为登记凭证存档，但申领人应保留正文（第一联）。以下是关于出生医学证明在上户口过程中的详细解答：

1. 出生医学证明的基本构成：

   • 出生医学证明由国家卫生健康委统一制发，基本联次分三联。
   • 第一联为正文，由申领人保存。
   • 第二联为副页，由公安户籍登记机关作为登记凭证存档。
   • 第三联为存根，由签发机构永久保存。

2. 上户口时的处理：

   • 申领人拿到的《出生医学证明》正文和副页是连在一起的。
   • 在办理新生儿上户口时，副页（第二联）会由办理新生儿上户的派出所户籍处进行处理，作为登记凭证存档。
   • 申领人私自摘除副页的，则视为无效证明。

3. 后续保管与使用：

   • 落户后，父母应认真保管《出生医学证明》正文（第一联）。
   • 该证明在孩子未来的上学、出国留学等情形中都会需要用到。

4. 注意事项：

   • 《出生医学证明》应妥善保管，防潮、防盗、防损坏。
   • 保存时禁止涂改、乱写乱画、撕毁、残缺不全，切记不可将《出生医学证明》过塑，如有以上情况视为证明无效。

综上所述，出生医学证明在上户口时，其副页会被收走作为登记凭证，但申领人应继续妥善保管正文部分，以备后续使用。