当您的驾驶证C证因违章被扣6分时，您可以通过以下几种方式处理：

首先，您需要确认并处理交通违法行为。您可以通过“交管12123”微信小程序或APP，查询并处理您的交通违法记录。在确认违法记录后，您可以选择缴纳罚款，并查看违法时间、地点、原因以及罚款金额和扣除的分数。请注意，对于已开通缴罚功能的省份，“交管12123”可以处理处警告或200元以下，记分为6分（含）以下罚款的非现场违法行为。

接下来，如果您的驾驶证累积记分未满12分，您可以参加公安机关交通管理部门组织的交通安全教育，通过“学法减分”来扣减记分。具体操作为：在“交管12123”平台上选择“学法减分”业务，提交申请后，进行网上学习并通过考试。考试合格后，您可以在现有累积记分分值中扣减记分，一个记分周期内累计最高可扣减6分。

在参加“学法减分”时，请注意以下几点：

1. 学习考试的内容包括交通违法行为判断、交通事故案例警示教育、道路交通事故自行协商处理等相关知识。
2. 考试时间为20分钟，答对18道题及以上为合格。如果考试未通过，可以在24小时内申请补考，补考次数以2次为限。
3. 在学习和考试过程中，请保持专注，不要接打电话或退出APP，否则会影响学习、考试结果。

最后，需要提醒的是，“学法减分”并不是预存分值，而是在您现有累积记分分值中进行扣减。同时，如果您的驾驶证记分达到12分，将需要按照《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例的规定，参加道路交通安全法律法规的学习并接受考试。

总之，当您的驾驶证C证因违章被扣6分时，应及时处理交通违法行为，并考虑通过“学法减分”来扣减记分。同时，也请您遵守交通规则，确保驾驶安全。