骑摩托车醉驾是会留下案底的。具体分析如下：

1. 酒驾与醉驾的区分：

   • 酒驾（饮酒驾驶）：车辆驾驶人员血液中的酒精含量大于或者等于20mg/100ml，小于80mg/100ml的驾驶行为。此时，酒驾行为属于行政违法行为，不会留下刑事案底，但会有行政处罚记录。
   • 醉驾（醉酒驾驶）：车辆驾驶人员血液中的酒精含量大于或者等于80mg/100ml的驾驶行为。醉酒驾驶机动车的，会构成危险驾驶罪，属于刑事犯罪行为，会留下刑事案底。

2. 法律后果：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十一条，饮酒后驾驶机动车的，处暂扣六个月机动车驾驶证，并处一千元以上二千元以下罚款。因饮酒后驾驶机动车被处罚，再次饮酒后驾驶机动车的，处十日以下拘留，并处一千元以上二千元以下罚款，吊销机动车驾驶证。
   • 醉酒驾驶机动车的，由公安机关交通管理部门约束至酒醒，吊销机动车驾驶证，依法追究刑事责任；五年内不得重新取得机动车驾驶证。

3. 案底的定义及影响：

   • 案底定义：案底一般指某人过去犯法或犯罪行为的记录，又称犯罪人员犯罪记录制度。在我国法律中，案底一般指有过刑事犯罪前科的档案记录。
   • 影响：留有案底会对个人产生多方面的影响，如导致当事人无法从事某些职业（如律师、公务员等），在政审环节可能无法通过，甚至可能对子女的未来发展产生一定影响。

综上所述，骑摩托车醉驾是会留下刑事案底的，因为醉驾行为构成了危险驾驶罪，属于刑事犯罪行为。而酒驾行为虽然属于行政违法行为，不会留下刑事案底，但也会有行政处罚记录。因此，建议驾驶员在驾驶摩托车或其他机动车时，务必遵守交通法规，避免酒驾等危险行为，以保障自身和他人的生命安全。