农村在册土地被他人用做坟地是违法的。下面我将从法律角度详细解释这一问题：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，并可能面临罚款、拆除建筑物、恢复土地原状等处罚。情节严重者，还可能依法追究刑事责任。

2. 侵权性质：

   • 未经许可擅自占用他人土地作为坟地，属于侵犯他人土地使用权的行为。被侵占方有权要求侵占方归还土地，恢复土地原貌，并赔偿因此造成的经济损失。

3. 处理建议：

   • 若发现农村在册土地被他人用作坟地，首先可以尝试与侵占方进行友好协商，要求其停止侵权行为并恢复土地原状。
   • 若协商无果，可以向当地村民委员会、乡（镇）人民政府等相关部门进行反映，寻求调解或帮助。
   • 若调解仍无法解决问题，被侵占方有权向农村土地承包仲裁机构提出仲裁申请，或者直接向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

综上所述，农村在册土地被他人用做坟地是违法的，被侵占方有权采取多种措施来维护自己的土地使用权。若您遇到此类问题，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。