很抱歉，关于“全国男科最厉害的三个医院”这个问题，并没有一个固定的答案，因为这涉及到多个评价维度，比如医疗技术、医生经验、设备先进程度、患者满意度等。不过，我可以给你一些建议，帮助你如何寻找和评估合适的男科医院：
参考专业排名：可以关注一些权威的医疗机构排名，比如复旦大学医院排行榜等，这些排名通常会综合考虑医院的医疗质量、科研实力、服务水平等多个方面。
了解医院专科实力：重点关注医院的男科专科实力，包括专科医生的资质和经验、专科设备的先进程度、专科诊疗技术的开展情况等。
患者口碑和评价：可以通过互联网搜索、患者论坛、社交媒体等途径，了解其他患者对医院的评价和口碑，这有助于你更全面地了解医院的服务质量和患者满意度。
医院地理位置和交通便利性：选择医院时，也要考虑其地理位置和交通便利性，以便在需要时能够及时就医。
总之，选择医院是一个需要综合考虑多个因素的过程。如果你有更具体的医疗需求或疑问，可以随时向我咨询，我会根据你的具体情况给出更专业的建议。