针对您提出的“二次入职是否还可以约定试用期”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条第二款的规定：“同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期。”这一条款是明确且具有法律效力的，它规定了同一用人单位与同一劳动者在劳动关系存续期间，只能约定一次试用期。

接下来，我们分析您提到的具体情况：员工从本公司A岗位离职5年后，再次入职本公司B岗位，且两个岗位的职责和层级完全不同。尽管岗位发生了变化，但根据《劳动合同法》的上述规定，同一用人单位与同一劳动者仍然只能约定一次试用期。这意味着，无论员工再次入职的是哪个岗位，只要其之前已经与该用人单位约定过试用期，那么再次入职时就不能再约定试用期了。

此外，您还提到了《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》和《关于中华人民共和国劳动法若干条文的说明》中的相关内容。这两份文件虽然在一定程度上对试用期进行了说明，但当它们与《劳动合同法》的规定不一致时，我们应当以《劳动合同法》的规定为准。这是因为《劳动合同法》是专门规范劳动合同关系的法律，其法律效力高于其他相关文件。

综上所述，对于您提出的问题，答案是：二次入职时，同一用人单位与同一劳动者不能再次约定试用期，无论其再次入职的岗位是否发生变化。这一规定旨在保护劳动者的权益，避免用人单位通过反复约定试用期来侵害劳动者的利益。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。