结论前置：在一般耕地上建设粮食库房，其合法性取决于是否经过法定程序的审批以及是否符合土地利用总体规划。未经批准擅自建设，通常会被认定为违建。
一、通常情况下可能属于违建
法律依据：根据《土地管理法》及相关法律法规，国家实行土地用途管制制度，严格限制农用地转为建设用地，对耕地实行特殊保护。耕地主要用于农业生产，未经批准不得擅自改变其用途。
违规后果：若未经依法批准，擅自在耕地上建设粮食库房，将违反土地用途管制制度。这种违法行为通常会导致以下后果：
二、特殊情况下的合法性
农用地转用审批：若建设者按照法定程序，向相关部门提出申请，并经过农用地转用审批手续以及其他必要的规划、建设审批，将耕地合法转变为建设用地，则在此土地上建设粮食库房不属于违建。
特殊项目需求：因国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目需要，或涉及粮食安全等特殊项目，经有批准权的人民政府批准后，可以将耕地转为建设用地用于建设相关的粮食库房或设施。这种情况下，建设行为是合法的。
农村地区特殊情况：在农村地区，若建设粮食库房是为了满足农村集体经济组织或农民个人的农业生产需要，且经依法批准使用本集体经济组织农民集体所有土地，并按照相关规定办理审批手续后，也可以在符合要求的土地上建设。但这种情况较为特殊，且需严格符合相关条件和程序。
三、建议与风险提示
咨询当地自然资源部门：在决定是否在耕地上建设粮食库房前，务必咨询当地的自然资源部门或农业部门，了解具体的政策和审批要求。不同地区可能存在不同的土地利用规划和政策限制，因此需根据当地实际情况进行决策。
遵守法律法规：严格遵守土地管理法律法规，不擅自改变土地用途。在建设粮食库房前，应确保已获得所有必要的审批手续，并按照批准的内容进行建设。
风险防范：对于可能存在的法律风险，如政策变化、审批流程复杂等，应提前进行风险评估和应对准备。若因违法建设而面临处罚或拆除等风险，将给建设者带来不必要的损失。
综上所述，在一般耕地上建设粮食库房的合法性取决于是否经过法定程序的审批以及是否符合土地利用总体规划。因此，在决策前务必充分了解相关法律法规和政策要求，确保建设行为的合法性。若你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。