关于病假扣全勤奖是否合法的问题，结论前置如下：

1. 若用人单位规章制度或劳动合同中有明确规定，且规定合法合理，则扣全勤奖合法。
2. 若规章制度或劳动合同中未明确规定，或规定不合理不合法，则扣全勤奖不合法。

详细分析如下：

一、规章制度或劳动合同中有明确规定的情况

• 规定合法合理：如果用人单位在规章制度或劳动合同中明确规定了全勤奖的发放条件，包括病假是否影响全勤奖的评定，并且这些规定是通过民主程序制定的，内容不违反法律法规的强制性规定，且已向员工公示或告知，那么员工请病假后，用人单位依据这些规定扣发全勤奖是合法的。例如，某公司规定“当月无迟到、早退、旷工、请假记录者，可获得全勤奖”，员工请病假后公司依据该规定扣发全勤奖，此行为在法律上通常被认可。

• 规定不合理不合法：如果规章制度中的规定排除了劳动者的合法权益，如规定即使员工因患重大疾病按规定请病假也会扣除全勤奖，这种规定可能被认定为不合理地限制了劳动者依法享受病假的权利，属于无效规定。此时，用人单位依据这些无效规定扣发全勤奖是不合法的。

二、规章制度或劳动合同中未明确规定的情况

• 无明确规定：如果用人单位没有在规章制度中明确全勤奖的评定标准和扣发条件，或者在劳动合同中也未对全勤奖作出相关约定，那么用人单位随意以员工请病假为由扣发全勤奖是缺乏依据的，属于不合法行为。在这种情况下，从公平合理角度出发，通常不扣除全勤奖较为合理，以体现人文关怀和劳动法的保护原则。

三、病假工资与全勤奖的关系

• 病假工资支付义务：即便用人单位可以因员工请病假扣除全勤奖，但在员工病假期间，用人单位仍应按照法律规定支付病假工资。根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》，职工患病或非因工负伤治疗期间，企业应按有关规定支付病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。

四、员工权益保护建议

• 了解规章制度：员工应首先查阅所在单位的规章制度或劳动合同，了解关于病假和全勤奖的具体规定。

• 沟通协商：若规章制度或劳动合同中有明确规定，但员工认为规定不合理或存在疑问，可与用人单位沟通协商，争取公平合理的处理结果。

• 保留证据：在处理过程中，员工应保留好相关证据，如病假证明、规章制度、劳动合同等，以备不时之需。

• 寻求法律帮助：如果员工认为自己的权益被侵犯，且沟通协商无果，可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总结与建议：病假是否扣除全勤奖需根据用人单位的规章制度或劳动合同中的具体规定来确定。在无明确规定的情况下，从公平合理角度出发，通常不扣除全勤奖较为合理。同时，无论是否扣除全勤奖，用人单位都应依法支付病假工资。员工在面对全勤奖扣发问题时，应首先查阅相关规章制度，如有疑问或不满，可通过与企业沟通、申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。如有更多疑问，可以直接向我咨询。