合同有涂改是否还能生效，需根据具体情况综合判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 双方协商一致且确认的涂改

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条的规定，当事人协商一致，可以变更合同。这意味着，只要合同双方当事人就涂改内容达成一致意见，并且该变更不违反法律法规的强制性规定，那么涂改后的合同即具有法律效力。
   • 实践应用：例如，甲乙两公司在签订买卖合同后，经协商决定将购买数量从100吨变更为120吨，并在合同相应条款处进行了涂改和盖章确认。在此情况下，涂改后的合同内容对双方均具有约束力，双方应依约履行。
   • 法律效力：此类涂改因体现了双方的真实意愿，并符合法律规定，因此涂改后的合同是有效的，双方应按照变更后的内容执行。

2. 一方擅自涂改

   • 无效性：若合同中的涂改是由一方未经另一方同意而擅自进行的，该涂改部分是不具有法律效力的。这意味着，原合同的其余部分仍然有效，双方应按照原合同未涂改的内容继续履行。
   • 违约责任：单方擅自涂改合同还可能构成违约行为，需要承担相应的违约责任。例如，在房屋租赁合同中，房东未与租客协商便私自提高租金并涂改合同，租客有权拒绝按照涂改后的租金支付，并可追究房东的违约责任。
   • 法律风险：擅自或违法涂改合同还可能引发法律纠纷，给双方带来不必要的麻烦和损失。

3. 涂改内容涉及关键要素

   • 效力争议：即使双方对涂改进行了确认，但若涂改内容涉及合同的关键要素（如标的、数量、质量、价款、履行期限、地点和方式等），并严重影响合同目的的实现，合同的效力可能因此存在争议。
   • 判断原则：此时，需结合公平原则、诚实信用原则等具体判断合同的有效性。如果涂改导致合同的关键条款变得模糊不清，无法确定合同的真实意思，这可能会引发合同纠纷。在这种情况下，需要结合具体的证据和实际情况来判断合同的效力及如何履行。

4. 涂改内容违法或违背公序良俗

   • 无效性：无论涂改是否得到双方确认，若涂改内容违反了法律法规的强制性规定或违背了社会公序良俗，则该涂改后的合同无效。
   • 法律后果：此类涂改不仅无效，还可能引发法律责任，如行政处罚或刑事责任，具体取决于违法行为的性质和严重程度。

建议与总结：

• 在处理合同涂改问题时，建议当事人妥善保留与合同变更相关的沟通记录、协商文件等证据，以证明合同变更的合法性和真实性。这有助于在可能的纠纷中维护自身权益。
• 为避免不必要的法律纠纷，建议在签订合同时务必仔细审查合同条款，确保内容准确无误。同时，对于任何合同的修改，都应经过双方协商一致，并在修改处进行明确的签字或盖章确认。
• 如果合同存在涂改且效力存疑，或者您在处理合同纠纷时遇到任何问题，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供针对性的法律分析和解决方案。