结论前置：公司制度规定员工迟到一次扣50元，其合法性需根据具体情况判断。若该制度未经民主程序制定、未公示或扣减工资不合理，则通常不合法；反之，若满足一定条件，则可能合法。

一、不合法的情况

1. 无合法有效的规章制度：

   • 如果公司没有制定关于迟到扣款的规章制度，或者虽有制度但未经过合法的制定程序（如未经职工代表大会或全体职工讨论，未与工会或职工代表平等协商确定），那么这种扣款行为就是违法的。
   • 示例：某公司未制定任何考勤制度，突然以迟到为由扣员工50元工资，这种行为缺乏制度依据，不合法。

2. 规章制度未公示或告知员工：

   • 即使公司制定了关于迟到扣款的规章制度，但如果未将该制度进行公示或告知员工，员工对扣款标准不知情，那么这种扣款行为也是违法的。
   • 示例：某公司制定了考勤制度，但仅在公司内部系统中发布，未组织员工学习或签字确认，员工对扣款标准不知情，此时扣款不合法。

3. 扣款金额不合理：

   • 根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。若公司扣款金额超过这一限制，则不合法。
   • 示例：某员工月工资为3000元，公司因其迟到一次扣款50元，虽未超过当月工资的20%，但如果该员工因多次迟到导致当月工资扣除后低于当地最低工资标准，则这种扣款行为也是违法的。

二、合法的情况

1. 存在合法有效的规章制度：

   • 如果公司制定了关于迟到扣款的规章制度，且该制度经过了合法的制定程序（如职工代表大会讨论通过），并已向全体员工公示或告知，那么这种扣款行为在程序上是合法的。
   • 示例：某公司制定了详细的考勤制度，明确规定了迟到扣款的标准和程序，并组织员工学习并签字确认，此时因员工迟到扣款是合法的。

2. 扣款金额合理且符合法律法规限制：

   • 若公司能证明员工迟到确实给其造成了经济损失，并且扣减的工资数额在合理范围内（即未超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不低于当地月最低工资标准），那么这种扣款行为是合法的。
   • 示例：某员工月工资较高，公司因其迟到一次扣款50元，该扣款金额未超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资仍高于当地最低工资标准，此时扣款合法。

三、劳动者权益保护

若劳动者认为用人单位的罚款行为侵犯了其合法权益，可以采取以下措施维护自身权益：

• 协商解决：首先尝试与用人单位进行协商，寻求合理的解决方案。
• 投诉举报：若协商不成，可以向当地的劳动监察部门投诉举报，请求其介入调查并处理。
• 申请仲裁：若投诉举报未能解决问题，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

总结与建议：迟到一次扣50元是否合法，取决于公司是否有合法有效的规章制度、该制度是否经过公示或告知员工、以及扣款金额是否合理且符合法律法规的限制。作为劳动者，在遇到不合理扣款时，应了解自己的权益并采取适当的措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。