结论前置：公司能否因员工上班迟到2-3分钟扣钱，主要取决于公司的规章制度是否合法有效以及该制度的具体内容。在符合法律法规的前提下，公司可以依据合法有效的规章制度对员工进行相应管理，但扣钱行为需合理且公正。以下从多个角度进行详细分析：

1. 法律依据角度：

   • 我国现行法律并未明确赋予用人单位对员工进行罚款的权利。罚款作为行政处罚的一种，仅由具有行政处罚权的行政机关实施。因此，用人单位直接对员工进行罚款在法律上是不被允许的。但这并不意味着公司不能对迟到行为进行管理，只是不能通过罚款的方式。

2. 规章制度有效性角度：

   • 合法制定：若公司有明确的规章制度，并且该制度是按照法定程序（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向劳动者公示或告知）制定的，那么该制度具有法律效力。
   • 内容合理：规章制度中应明确规定迟到的相关处理措施，包括迟到2-3分钟的扣钱标准（如果公司选择以扣减绩效、奖金等非罚款形式进行管理）等。此标准需合理、公正，不得损害劳动者的合法权益。例如，规定迟到一次扣少量金额（需确保该金额与员工的收入水平相匹配，且非直接罚款性质），或者通过扣减部分绩效奖金、全勤奖等方式进行管理。
   • 约束力：只有合法有效的规章制度才能对员工产生约束力。如果规章制度未经法定程序制定或内容不合理，那么公司依据此制度扣钱（或采取其他管理措施）将是不合法的。

3. 实际操作建议角度：

   • 了解公司规定：员工应首先查阅公司的员工手册或咨询人事部门，以了解公司关于迟到的具体规定，包括是否扣钱、扣钱的标准等。
   • 沟通协商：如果认为公司的扣钱行为（或管理措施）不合理或不合法，员工应先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣钱的依据和理由，并尝试达成共识。
   • 法律途径维权：若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉，由其对公司的行为进行调查处理；也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

举例说明：假设某公司规章制度中规定，员工迟到1-5分钟，每次扣减当月绩效奖金的5%。若该制度是经过合法程序制定，且内容合理、公正，那么公司可以依据此制度对迟到2-3分钟的员工进行相应管理。但若该制度未经合法程序制定，或扣减比例过高、不合理，那么员工有权拒绝接受，并通过法律途径维权。

总结与建议：公司能否因员工上班迟到2-3分钟扣钱，关键在于公司的规章制度是否合法有效以及扣钱行为（或管理措施）是否合理公正。员工应了解自己的权益，并在必要时采取适当的措施维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。