休年假通常不应扣全勤，但具体是否扣除需依据公司规章制度及法律规定来判断。以下是从不同角度的详细分析：
年假的法定性与工资待遇
- 根据《职工带薪年休假条例》的规定，连续工作1年以上的职工享受带薪年休假，这是法律赋予劳动者的法定权利。在年休假期间，劳动者享受与正常工作期间相同的工资收入，这意味着休年假属于劳动者的正常出勤，用人单位应支付全额工资，不应将休年假视为缺勤或扣除全勤奖。
全勤的定义与年休假的关系
- 全勤通常指员工在一个考勤周期内，按照用人单位的正常工作制度，未出现迟到、早退、旷工、请假（除法定的带薪假期外）等缺勤情况。年休假作为劳动者的法定带薪假期，员工休年休假是合法行使自己的权利，并非无故缺勤或违反公司考勤制度。因此，从全勤的定义出发，休年休假不应被认定为缺勤，进而扣除全勤奖。
公司规章制度的影响
- 尽管法律规定了年休假的性质和待遇，但具体是否扣除全勤还需参考公司的规章制度。有些公司可能将年休假视为带薪假，不影响全勤考核；而有些公司可能有不同规定，将年休假纳入全勤考核的范畴。然而，公司规章制度中关于年休假与全勤的规定，必须满足经过合法程序制定、内容不违反法律法规的强制性规定以及合理性考量等条件，才具有法律效力。如果公司规章制度的规定不合理，损害了劳动者的合法权益，那么该规定可能被视为无效。
实际操作与建议
- 如果公司制度错误地将休年假认定为影响全勤，从而扣除全勤奖，劳动者应首先与公司进行沟通协商，明确表达自身合法权益。在沟通过程中，劳动者可以引用《职工带薪年休假条例》等相关法律法规，说明休年假是法定权利，且休假期间应享受与正常工作期间相同的工资待遇和全勤考核。
- 如果协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉举报，或者通过劳动仲裁等法律途径来维护自身的合法权益。在投诉或仲裁过程中，劳动者需要提供相关证据，如公司规章制度、工资条、考勤记录等，以证明自己的权益受到了侵害。
总结来说，休年假是劳动者的法定权利，且休假期间应享受与正常工作期间相同的工资待遇和全勤考核。因此，用人单位不得因员工休年假而扣发其全勤奖。如果遇到此类情况，劳动者应依法维权，通过沟通协商、投诉举报或劳动仲裁等途径保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。