结论前置：
- 旷工三天自离后，用人单位以此为由拒绝支付工资是不合法的。劳动者有权要求用人单位按照实际工作天数支付应得的工资。
- 用人单位可以扣除旷工天数对应的工资及因旷工给单位带来损失的部分，但扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
法律分析与建议：
一、工资支付原则
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款明确了劳动者获得劳动报酬的基本权利，无论劳动者是否旷工或自动离职，只要其提供了劳动，用人单位就应当支付相应的工资。
二、旷工行为的处理
旷工确实属于违反劳动纪律和用人单位规章制度的行为。用人单位可以依据合法有效的规章制度，对旷工行为进行相应处理，如扣除旷工当天的工资以及适当扣除因旷工给单位带来损失的部分。然而，这种扣除必须合理且符合法律法规，扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
三、劳动者维权途径
若用人单位以旷工三天自离为由拒绝支付工资，劳动者可以通过以下途径维护自己的合法权益：
与用人单位协商：
- 劳动者应首先尝试与用人单位进行友好协商，明确表明虽然存在旷工自离的情况，但依法仍有权获得已工作天数的劳动报酬。
- 在协商过程中，劳动者应清晰、诚实地说明自身情况和诉求，争取与用人单位达成和解，让其支付应得的工资。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉。
- 投诉时需准备好相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以证明自己在单位的工作情况以及旷工的具体情况。
- 劳动监察部门接到投诉后，会介入调查并督促单位履行支付工资的义务。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门无法解决问题，劳动者可以申请劳动仲裁。
- 申请前需准备好证明劳动关系存在、工作时间和工作量等材料，如劳动合同、工资条、工作证、考勤记录、工作记录、项目文档、同事证言等。
- 撰写劳动仲裁申请书，明确写明自己的基本信息、用人单位的基本信息、仲裁请求（即要求用人单位支付拖欠的工资）、事实和理由等内容。
- 向劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请及相关材料，并参与仲裁过程，陈述自己的主张和理由，提供相关证据。
提起诉讼：
- 如果对劳动仲裁的结果不满意，劳动者可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，需要遵循民事诉讼的程序和规则，向法院提交起诉状、证据等材料，并参加庭审。
四、用人单位的法律责任
如果用人单位未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬，劳动行政部门不仅可以责令其限期支付，还可能要求其向劳动者加付赔偿金。这表明，用人单位在支付工资方面承担着严格的法律责任。
实际操作建议：
- 在实际操作中，劳动者应保留好相关证据，如工作记录、工资条、劳动合同等，以便在维权时提供有力支持。
- 同时，用人单位也应完善内部管理制度，确保工资支付的合规性，避免不必要的法律纠纷。
总结：
旷工三天自离后，用人单位以此为由拒绝支付工资是不合法的行为。劳动者应了解自己的合法权益，并通过合法途径进行维权。如果遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。