结论：做一休一12小时工作制是否合法，需根据具体情况及劳动法律法规进行综合判断，一般情况下若未经特殊审批且未保障劳动者权益则不合法，特定情况下可能合法。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
符合特殊工时制度：
- 不定时工作制与综合计算工时工作制：对于因生产特点或工作特殊需要无法按标准工时衡量的岗位，用人单位可按法定程序向劳动行政部门申请不定时工作制或综合计算工时工作制。获批后，即便做一休一且每天工作12小时，只要总工作时间符合法律规定（如综合计算工时工作制下，计算周期内总工作时间不超过法定标准工作时间总数），也视为合法。例如，某些需要24小时值班的岗位，可能实行做一休一，但通过综合计算工时工作制来确保合法性。
紧急情况下的例外：
- 根据《劳动法》第四十二条，发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的；或者生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的等情形下，延长工作时间可以不受《劳动法》第四十一条关于加班时间的限制。若做一休一12小时工作制属于此类紧急情况下的必要安排，则可能合法。
加班程序合规且支付加班费：
- 若用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后延长工作时间，且每日延长工作时间不超过三小时（在保障劳动者身体健康的条件下），同时每月延长工作时间不超过三十六小时，并支付相应的加班工资（如休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的报酬），则在此情况下，做一休一且每天工作12小时（其中包含加班时间）可能是合法的。但需注意，这种合法性是建立在严格遵守加班程序和支付加班费的基础上的。
不合法情况
工作时间过长且未经审批：
- 若做一休一导致劳动者日均工作时间超过8小时，且平均每周工作时间超过44小时（或根据《国务院关于职工工作时间的规定》为每周40小时），同时未经审批为特殊工时制度，则此安排违法。例如，某岗位实行做一休一但每天工作12小时，且未申请特殊工时制度，即为不合法。
未保障劳动者休息权益：
- 即使工作时间在法定范围内，但若用人单位未提供必要的休息时间，如连续工作时间过长无适当休息间隔，或未按法律规定安排休息休假（如法定节假日、年假等），此做一休一安排也可能违法。
未支付加班费：
- 若做一休一12小时工作制中包含加班时间，但用人单位未按规定支付加班费，则此安排违法。劳动者有权要求用人单位支付加班费或进行相应的补偿。
法律建议
- 劳动者：应充分了解自己的工作时间权益，包括每日和每周的工作时间限制、加班费的支付标准等。若用人单位违反工时规定或未支付加班费，劳动者有权拒绝超时工作安排，并可通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式维护自身权益。
- 用人单位：应严格遵守相关法律法规，确保工时安排的合法性和合理性。若需实行特殊工时制度或安排加班，应按规定履行审批程序并支付相应的加班费。同时，应保障劳动者的休息休假权等合法权益不受侵害。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第三十六条：国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
- 《中华人民共和国劳动法》第四十一条：用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
- 《中华人民共和国劳动法》第四十二条：有下列情形之一的，延长工作时间不受本法第四十一条规定的限制：（一）发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的；（二）生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的；（三）法律、行政法规规定的其他情形。
- 《国务院关于职工工作时间的规定》第三条：职工每日工作8小时，每周工作40小时。
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