针对“农村宅基地一宅两户怎么确权”的问题，这实际上涉及到了“一户一宅”原则下的特殊情形处理。以下我将从确权原则、可以确权的情形、不符合确权条件的情形及处理方式，以及确权流程四个方面进行详细解答。

一、确权原则

首先，我们要明确的是，根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，这是“一户一宅”的基本原则。在确权时，我们应遵循这一原则，同时考虑合法合规、尊重历史等因素。

二、可以确权的“一宅两户”情形

1. 因合法继承房屋形成的一宅两户

   • 如果一户中的成员通过合法继承获得了另一处房屋的所有权，并且该房屋位于同一宅基地上，那么根据“地随房走”的原则，这处宅基地的使用权也可以随之转移。在这种情况下，可以进行确权登记，但需在不动产登记簿和证书附记栏注明继承身份。不过，继承人不能单独对继承的宅基地进行翻建或新建，只能在原有房屋基础上进行维修或维护。

2. 因管理部门衔接或历史原因造成的一宅两户

   • 由于不同时期政策执行、部门衔接问题或历史遗留问题，可能导致一户实际上拥有两处房屋但只对应一处宅基地的情况。这种情况下，可以由村民委员会出具证明，经乡（镇）人民政府审核确认后，依法予以确权登记。

3. 符合分户条件但未实际分户的一宅两户

   • 如果农户家庭中的子女已经成年并达到分户条件，但由于种种原因尚未办理分户手续，而实际上已经另有一处房屋（可能位于同一宅基地的不同位置或通过合法方式获得），且新建房屋占用的宅基地符合相关规划，经本农民集体同意并公告无异议的，可以按规定补办有关用地手续后，依法予以确权登记。不过，这种情况更接近于“一户多宅”中的特殊情形，且需要满足一系列条件。

需要注意的是：在“一宅两户”的情况下，如果两处房屋均位于同一宅基地上，且没有违反“一户一宅”的原则（即实际上并未形成两处独立的宅基地使用权），那么通常只会对一处房屋及其附属的宅基地进行确权。如果两处房屋分别对应了宅基地的不同部分，且均符合确权条件，那么可能需要与当地政府或相关部门沟通，了解具体的确权政策和操作流程。

三、不符合确权条件的“一宅两户”情形及处理方式

1. 存在违法建设的房屋

   • 如果其中一处或两处房屋存在违法建设的情况（如无证建设、超出批准面积建设等），则不能确权。对于违法建筑，应根据相关法律法规进行处理，如拆除、罚款等。在处理完违法问题后，如果剩余部分符合确权条件，可以依法进行确权。

2. 通过非法手段获取宅基地或房屋

   • 如通过欺骗、伪造材料等手段获取额外宅基地或房屋，不仅不能确权，而且相关部门会依法收回非法占用的宅基地或房屋，并根据情节轻重给予相应处罚。

四、确权流程

1. 申请：向当地乡镇人民政府或相关部门提交确权申请，并提供相关证明材料（如宅基地使用证、建房审批手续、身份证明、继承证明等）。

2. 审核：相关部门对申请材料进行审核，包括核实宅基地的合法性、房屋的建设情况、是否符合确权条件等。

3. 公示：审核通过后，将确权结果进行公示，接受群众监督。如有异议，可提出申诉并进行复核。

4. 登记发证：经公示无异议后，由相关部门进行登记发证，确认宅基地使用权和房屋所有权。

建议：在处理“一宅两户”的确权问题时，建议农户及时咨询当地相关部门或专业律师，以获取准确的法律意见和帮助。同时，应积极配合政府或相关部门的工作，提供真实、完整的申请材料，以确保确权工作的顺利进行。