结论：关于“租机5000还9000是否合法”的问题，不能直接给出合法或不合法的简单判断，因为这取决于租赁合同中的具体条款以及相关法律法规的适用情况。以下是从不同角度进行的分析：

一、合同自由原则与合法性判断

1. 合同自由原则：在民事法律关系中，合同双方有权在平等、自愿的基础上协商确定合同的内容，包括租金、租赁期限、还款方式等。因此，如果租赁合同中明确约定了租机费用为5000元，而还款总额为9000元（可能包含了租金、利息、手续费等各项费用），且这一约定是双方真实意思的表示，没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么该约定在合同层面是合法的。

2. 合法性判断：然而，合法性并不仅仅取决于合同双方的约定。如果还款总额中的利息、手续费等费用过高，超出了法律规定的上限（如民间借贷中的利率上限），或者存在其他违法情形（如欺诈、胁迫等），则该约定可能因违反法律、行政法规的强制性规定而被认定为无效或可撤销。

二、具体费用分析

1. 租金：租金是租赁合同中的核心条款之一，其金额应由合同双方根据市场行情、设备价值、租赁期限等因素协商确定。如果5000元是合理的租金金额，且双方对此无异议，则这部分费用是合法的。

2. 利息与手续费：如果还款总额中的9000元包含了利息和手续费等额外费用，则需要仔细审查这些费用的计算方式和金额。根据相关法律法规的规定，利息和手续费的收取应合理、透明，且不得超出法律规定的上限。如果超出上限，则超出部分可能不被法律保护。

三、法律建议

1. 审查合同条款：建议您仔细审查租赁合同中的各项条款，特别是关于租金、利息、手续费等费用的约定。确保这些条款明确、合理，且没有违反法律、行政法规的强制性规定。

2. 咨询专业意见：如果您对合同条款或相关法律法规存在疑问，建议咨询专业律师或相关机构以获取更准确的法律意见。他们可以根据您的具体情况和合同条款，为您提供更具体的法律建议。

3. 协商与调解：如果双方在合同履行过程中发生争议，可以尝试通过协商或调解的方式解决。这有助于维护双方的合作关系，并避免不必要的法律纠纷。

四、可能存在的法律后果

1. 合同无效或可撤销：如果租赁合同中的约定违反了法律、行政法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等情形，则该合同可能被认定为无效或可撤销。这将导致双方需要重新协商合同条款或承担相应的法律责任。

2. 民事赔偿：如果因合同条款违法或不当导致一方遭受损失，受损方有权要求违约方承担民事赔偿责任。这包括赔偿因违约行为造成的直接损失和间接损失等。

总结：租机5000还9000是否合法，取决于租赁合同中的具体条款以及相关法律法规的适用情况。建议您仔细审查合同条款，并咨询专业律师以获取更准确的法律意见。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。