核心结论：在A公司上班但由B公司发工资的情况下，若需申请劳动仲裁，关键在于确定劳动关系归属，并据此选择正确的被申请人和准备相应证据。以下是具体分析：

1. 确定劳动关系归属：

   • 实际用工关系：首先，需要明确您与哪家公司建立了实际的劳动关系。这通常取决于您的工作内容、工作地点、工作安排以及管理关系等。如果A公司是您的实际用人单位，负责安排您的工作、进行日常管理和支付劳动报酬（尽管通过B公司账户支付），则您与A公司存在劳动关系。
   • 工资支付形式：B公司发工资可能只是A公司为了财务便利或税务筹划而采取的一种形式，并不改变劳动关系的本质。然而，如果B公司不仅支付工资，还负责您的招聘、培训、考核等管理活动，那么您可能与B公司存在劳动关系。

2. 选择正确的被申请人：

   • 若与A公司存在劳动关系：在申请劳动仲裁时，您应将A公司作为被申请人。即使工资由B公司支付，这也不影响A公司作为用人单位的法律地位。
   • 若与B公司存在劳动关系：如果经过分析，您确定与B公司存在劳动关系，那么您应将B公司作为被申请人。
   • 若存在混同用工情况：如果A公司和B公司存在混同用工的情况（如共同管理、交叉安排工作等），且难以区分劳动关系归属，您可以将A公司和B公司作为共同被申请人。

3. 准备相应证据：

   • 劳动合同：如果您与A公司或B公司签订了劳动合同，这是证明劳动关系最直接的证据。
   • 工作证明：包括工作证、工作服、考勤记录、工作安排通知等，这些可以证明您的工作内容和工作地点。
   • 工资支付记录：虽然工资由B公司支付，但您可以提供银行流水等证据，证明工资的实际支付情况。同时，如果可能的话，获取A公司或B公司关于工资支付的说明或协议。
   • 其他证据：如同事证言、聊天记录等，这些也可以作为辅助证据来证明您的劳动关系。

4. 申请劳动仲裁的流程：

   • 提交仲裁申请：向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料。
   • 受理与开庭：仲裁委员会在收到申请后，会进行审查并决定是否受理。如果受理，会安排开庭审理。
   • 裁决与执行：仲裁委员会在审理后，会作出裁决。如果一方不履行裁决，另一方可以向法院申请强制执行。

行动建议：

• 在申请劳动仲裁前，先仔细分析您与A公司、B公司之间的劳动关系归属，确保选择正确的被申请人。
• 收集并整理好相关证据材料，确保证据的充分性和有效性。
• 如果对劳动仲裁流程或证据准备有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律指导。