结论前置：合同上有修改痕迹并不意味着合同一定作废，其法律效力需根据修改的具体情况和性质来确定。以下是几种常见情况的分析：
修改经双方协商一致：
- 如果合同的修改是在双方当事人协商一致的基础上进行的，并且在修改处有双方的签字、盖章或按手印等明确的确认行为，那么这种修改是合法有效的。修改后的内容将取代原合同中对应的条款，双方应严格按照修改后的合同履行各自的权利和义务。
- 例子：甲乙双方签订了一份买卖合同，后来双方就交货时间进行了协商并达成一致，于是在原合同上修改了交货时间，并双方签字确认。这种情况下，修改是有效的，双方应按照新的交货时间履行合同。
修改未经对方同意：
- 一方未经另一方同意擅自对合同进行修改的，该修改部分原则上对未同意的一方不产生法律效力。原合同的相关条款依然保持有效，双方应按照原合同的约定履行。
- 若另一方事后追认了修改行为，则该修改部分对追认方产生法律效力。在产生纠纷时，主张合同修改有效的一方需承担举证责任，提供如沟通记录、电子邮件、会议纪要或其他能证明对方同意修改的证据。
- 例子：甲未经乙同意，擅自修改了合同中的付款金额，并试图以此要求乙支付更多款项。乙发现后拒绝支付，并指出甲未经其同意擅自修改合同。这种情况下，甲的修改是无效的，乙只需按照原合同约定的金额支付即可。
难以确定修改情况：
- 当双方对合同修改的事实存在争议，且无法通过现有证据明确判断时，可考虑通过司法鉴定来确定修改的时间、方式及是否存在篡改。
- 司法鉴定机构可利用笔迹鉴定、印文鉴定、文件形成时间鉴定等专业技术手段为案件审理提供专业意见。
- 法院或仲裁机构在审理案件时，除依据鉴定结果外，还会综合考虑合同的履行情况、双方的交易习惯、诚信原则等因素来判断合同修改的效力及双方的权利义务。
- 如一方已按照修改后的合同履行了义务，且另一方接受了履行并未提出异议，这在一定程度上可视为对修改行为的默认。
- 例子：甲乙双方对合同中的某一条款进行了修改，但修改处没有双方的签字确认。后来双方就修改内容产生了争议。在这种情况下，如果无法通过其他证据证明修改是双方协商一致的，那么可能需要通过司法鉴定来确定修改的真实性和有效性。
处理建议与注意事项：
- 在签订合同或进行任何修改时，应保持谨慎，确保所有修改都得到对方的确认，并留下明确的证据。这可以通过签字、盖章、按手印或电子邮件确认等方式实现。
- 若发现合同被擅自修改，应立即与对方沟通，明确表达立场和态度，要求解释并协商解决方案。在沟通过程中，注意保留好沟通记录作为证据。
- 沟通无果或权益受损严重时，应及时寻求法律援助，向我咨询了解自己的法律权益和可能的救济途径。
- 在处理过程中，务必保留好相关证据，包括合同原件、修改痕迹的拍照或扫描件、与对方的沟通记录等，以便在必要时维护自己的合法权益。
综上所述，合同上有修改痕迹并不一定导致合同作废，其法律效力需根据修改的具体情况和性质来确定。在处理此类问题时，应冷静分析、妥善处理，并积极寻求法律援助以保护自己的合法权益。