税务局在特定情形下倒查20年是合法的，但需严格遵循法定程序和条件，具体分析如下：

1. 法律依据与追征期规定
   根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十二条，税务机关对偷税、抗税、骗税的，追征期不受期限限制；因纳税人计算错误等失误导致未缴或少缴税款的，追征期一般为三年，特殊情况下可延长至五年。若涉及偷逃税等违法行为，税务机关可无限期追征，此时倒查20年具备合法性。

2. 合法性核心条件

   • 违法行为存在：倒查需以纳税人存在偷税、抗税、骗税等明确违法行为为前提。若仅因计算错误或政策理解偏差导致少缴税款，则受三年或五年追征期限制。
     
   • 程序合规性：税务机关需依法启动调查程序，包括立案、取证、告知权利等环节，确保程序正当性。
     
   • 证据充分性：需有完整证据链证明违法行为及税款金额，例如账簿凭证、第三方数据等。

3. 实务中的操作边界

   • 历史税款处理：对20年前的税款，若涉及重大偷逃税案件（如利用政策漏洞或虚假申报），税务机关可能通过调取历史档案、银行流水等证据启动倒查。
     
   • 企业合规建议：企业应定期自查税务合规性，尤其关注历史交易中的发票管理、关联交易定价等问题，降低被倒查风险。

4. 纳税人权利保障
   若被税务机关倒查，纳税人享有陈述申辩权、听证权及行政复议权。例如，可对税款计算方式、证据合法性提出异议，或通过行政复议纠正程序瑕疵。

总结：税务局倒查20年的合法性取决于是否满足“重大违法行为+程序合规+证据充分”三要件。若您面临此类情况，建议梳理历史交易记录，评估税务合规风险，并可进一步向我咨询具体应对策略。