关于“健康证不合格是否会通知用人单位”的问题，这主要取决于具体的办理流程和当地的相关规定，但我可以根据一般情况和相关法律法规来为您详细解答。

首先，我们需要明确的是，健康证是从业人员健康证明，对于从事食品生产经营、公共场所服务、化妆品生产等特定行业的人员来说，是必须持有的证件。这些行业对从业人员的健康状况有严格要求，以确保公共卫生和消费者安全。

在办理健康证的过程中，通常会进行一系列的健康检查，包括但不限于皮肤检查、大便培养、抽血和胸透等项目。如果检查结果显示不合格，即查出患有有碍公共卫生的疾病，如痢疾、伤寒、活动期肺结核、传染性皮肤病等，那么该人员将不得从事相关直接为顾客服务的工作，需治愈后方可重新申请办理健康证。

至于健康证不合格是否会通知用人单位，这并没有一个统一的答案。它可能因地区、办理机构或具体流程的不同而有所差异。然而，从用人单位的角度来看，他们通常有责任确保所聘用的员工符合相关行业的健康要求。因此，在实际操作中，一些用人单位可能会要求员工在入职时提供健康证或进行入职体检，并保留相关记录。如果员工的健康证不合格或体检结果不符合要求，用人单位通常会得知这一情况，并可能根据内部规定或相关法律法规采取相应的措施，如调整岗位、要求治疗或解除劳动合同等。

此外，根据《中华人民共和国食品安全法》等相关法律法规的规定，食品生产经营者等特定行业的用人单位如果安排未取得健康证明或患有有碍食品安全疾病的人员从事接触直接入口食品的工作，将可能面临法律责任。因此，从法律层面来看，用人单位也有动力去了解和掌握员工的健康状况。

综上所述，虽然无法确定健康证不合格是否会直接通知用人单位，但用人单位通常有责任和动力去了解和掌握员工的健康状况。如果您作为员工担心自己的健康证不合格会影响工作，建议您及时与用人单位沟通并了解相关政策和流程。同时，如果您作为用人单位希望确保员工的健康状况符合要求，可以要求员工提供健康证或进行入职体检，并保留相关记录以备查证。