迟到扣工资是否违法，不能一概而论，而是需要结合具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
规章制度合法且合理的情况
- 如果用人单位在员工手册或劳动合同中明确规定了迟到扣款的制度，并且该制度经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），内容不违反法律法规的强制性规定，同时扣款金额合理（通常不应超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准），那么这种扣款行为是合法的。
- 例子：某公司规章制度规定，员工迟到一次扣除当月绩效奖金的10%，且该制度已经过职工代表大会讨论通过，并向全体员工进行了公示。在这种情况下，如果员工迟到，公司按照制度扣除相应奖金是合法的。
规章制度不合法或不合理的情况
- 如果用人单位的规章制度未经过民主程序制定，或者未向劳动者公示，那么这些规章制度对劳动者没有约束力，公司依据此类规章制度进行扣款可能构成违法行为。
- 如果扣款金额过高，或者扣款方式不当（如未提前告知劳动者、一次性扣罚过多等），也可能构成违法扣工资。例如，公司规定迟到一次扣除当天全部工资，或者未提前告知员工扣款规定就擅自扣款，这些行为都是违法的。
- 例子：某公司未制定明确的迟到扣款制度，或者制度未经民主程序制定且未向员工公示。在这种情况下，如果公司因为员工迟到而扣款，就可能构成违法行为。
以迟到为由恶意克扣工资的情况
- 如果公司以迟到为借口，恶意克扣员工工资，这种行为显然违反了《中华人民共和国劳动法》的规定，侵害了劳动者的合法权益。
- 例子：某公司员工本月仅迟到一次，且未给公司造成任何经济损失，但公司却以迟到为由扣除了员工当月大部分工资。这种行为就属于恶意克扣工资，是违法的。
建议与总结：
- 对于劳动者而言，在入职前应仔细了解用人单位的规章制度，特别是关于劳动报酬和考勤管理的部分。在遇到扣工资问题时，应及时与用人单位协商，了解扣工资的具体原因和依据，并表达自己的合理诉求。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 对于用人单位而言，应确保自己的规章制度符合法律法规的要求，并经过民主程序制定且向劳动者公示。在制定迟到扣款等制度时，应确保扣款金额合理且方式得当，避免因此引发不必要的劳动纠纷。
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