结论：旷工扣三天工资是否合法，需根据具体情况分析。一般情况下，直接扣除三天工资可能构成对劳动者劳动报酬权利的侵犯，因此通常认为这种做法是不合法的。但若公司规章制度明确、合法且经过公示或员工同意，并遵循法律规定扣除限额，则可能合法。以下从多个角度进行详细分析：
法律规定角度
《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。旷工一天，劳动者仅当天未提供劳动，用人单位最多只能不支付当天的工资，扣除三天工资的做法超出了合理范围，侵害了劳动者获取劳动报酬的权益。
《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。旷工一天扣三天工资，往往超出了这一合理扣除范围。
劳动合同与规章制度方面
规章制度的合法性：用人单位在劳动合同或规章制度中规定旷工扣三天工资时，该条款需满足合法性要求，即经过民主程序制定、向劳动者公示告知，且不违反法律法规的强制性规定。若规章制度未满足上述条件，或内容本身不合理（如高额克扣），则该条款无效，用人单位不能据此随意克扣工资。
规章制度的合理性：即使规章制度经过了合法程序制定和公示，其内容也需合理。扣罚方式不应过分严厉，以至于构成对劳动者劳动报酬权利的侵犯。例如，旷工一天扣三天工资，这种扣罚方式显然过于严厉，缺乏合理性。
特殊情况处理
在特定情况下，如果劳动者旷工行为确实给用人单位造成了实际且明确的重大经济损失，并且用人单位能够充分举证证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者赔偿损失，并从工资中合理扣除相应款项。但这种扣除仍需遵循法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。
合法合理的处理方式
对于劳动者的旷工行为，用人单位应当依据公司的规章制度或劳动合同约定进行处理。处理方式可以包括给予警告、记过、扣减绩效考核分数、扣减奖金等，但这些处理方式都应当在合法、合理、公正的范围内进行，不能违反国家法律法规的规定。例如，用人单位可以规定旷工一天扣当天工资，或者根据旷工天数和情节严重程度给予相应的纪律处分，但不应直接扣除三天工资。
劳动者的维权途径
如果劳动者认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以与用人单位协商解决。协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，还可以依法提起诉讼。
建议：作为劳动者，应了解自己的合法权益，遵守公司的规章制度和劳动合同的约定，避免无故旷工等行为的发生。如果遇到用人单位不合法或不合理地扣罚工资的情况，应积极维护自己的权益，通过合法途径寻求解决。同时，用人单位在制定和执行相关规章制度时，也应确保规定的公平、公正和合理，以维护良好的劳动关系和企业秩序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。