结论前置：请假扣工资的计算方式并非固定按底薪或总工资，而是需根据公司的规章制度、劳动合同约定以及当地法律法规综合判断。不过，在多数情况下，请假扣工资是依据底薪（基本工资）来计算的。

详细分析：

1. 一般情况下的计算依据：

   • 底薪（基本工资）作为基准：在大多数企业中，请假扣工资时，会按照员工的基本工资（底薪）来计算应扣除的金额。这是因为基本工资是员工正常出勤时应得的固定报酬，能够准确反映员工的基本劳动价值。同时，以底薪为基数计算扣薪也便于企业管理与财务核算。
   • 总工资作为基准的特殊情况：虽然不常见，但在某些特殊的薪酬制度或劳动合同有明确约定的情况下，可能会采用总工资作为扣款基准。这通常发生在销售岗位等薪酬结构较为复杂的职位，或当请假直接影响到业绩提成等非固定薪酬部分时。

2. 不同请假类型的扣款方式：

   • 事假：事假期间，员工未提供劳动，企业通常会按照实际请假天数和日工资标准（通常是底薪除以月计薪天数）扣除相应工资。若公司规章制度或劳动合同有特别约定，如按总工资的百分比扣除，则需遵循约定，但不得低于当地最低工资标准。
   • 病假：病假期间，企业应按有关规定支付病假工资或疾病救济费。具体计算基数和比例可能因地区和企业规定而异，但通常不低于当地最低工资标准的80%，并以职工正常出勤情况下应得的全部工资收入为基础来计算（不过实际操作中可能仍以底薪为主）。
   • 法定节假日、年假、探亲假、婚丧假等带薪假：在这些法定带薪假期内，用人单位应当按照正常出勤支付工资，不存在扣工资的情况。

3. 公司规章制度与劳动合同的约定：

   • 公司规章制度：若公司规章制度明确规定了请假扣工资的计算方式（按底薪或总工资），且该规定不违反法律法规的强制性规定，则应按此规定执行。
   • 劳动合同约定：劳动合同中可能对请假扣工资有特别约定。此时，应遵循合同约定。若合同约定模糊或有争议，双方应协商解决；协商不成，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

4. 法律法规依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》，工资分配应遵循按劳分配原则，实行同工同酬。用人单位有权依法自主确定工资分配方式和水平，但需在遵守法律法规的前提下制定扣款规定。
   • 无论按底薪还是总工资扣除，扣除后的工资均不得低于当地最低工资标准，以保障劳动者基本生活需要。

实践建议：

1. 了解政策：员工在请假前应了解公司的请假扣工资政策，并在签订劳动合同时仔细审查相关条款，确保自己的权益不受损害。
2. 沟通询问：对扣薪方式有疑问或认为不合理时，应及时与人力资源部门沟通，明确公司规定和计算方法。
3. 合法维权：若认为公司扣薪行为违法或违反劳动合同约定，可向当地劳动行政管理部门投诉举报，或申请劳动仲裁寻求合法解决方案。

综上所述，请假扣工资的计算方式需综合考虑多方面因素。员工应充分了解公司政策，并在必要时采取合法措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。