关于您提出的“怀孕请假超过三个月可以开除吗”这一问题，我可以明确地告诉您，怀孕女职工请假超过三个月，并不必然导致被用人单位开除。这一结论主要基于以下几点详细分析：
一、法律对怀孕女职工的特殊保护
根据《劳动合同法》及《女职工劳动保护特别规定》，女职工在孕期享有特殊的劳动保护权益。这些法律明确规定，用人单位不得因女职工怀孕而降低其工资、予以辞退或与其解除劳动（聘用）合同。这一规定为怀孕女职工提供了坚实的法律保障，确保她们在孕期能够安心休养，不受不公正对待。
二、请假流程与规章制度的重要性
合法休假：如果女职工怀孕请假是按照正规流程进行的，比如提前向用人单位提交请假申请，并提供了合法的请假手续（如医院出具的诊断证明、病假条等），那么这种休假行为是合法的。在此情况下，用人单位不能仅凭请假时间超过三个月就开除女职工。
违规旷工：然而，如果女职工请假未按公司规定的程序办理，比如未经批准擅自离岗，或者长期旷工超过一定时间（具体时间需根据用人单位的规章制度来确定，但通常不会直接设定为三个月作为开除的界限），且该行为严重违反了用人单位经过民主程序制定并已向劳动者公示的规章制度，那么用人单位有权依据《劳动合同法》的相关规定解除劳动合同。但这一操作必须严格按照法律规定的程序进行，包括事先通知工会、听取女职工的申辩等。
特殊病假情况：若女职工因怀孕相关并发症等需要休长期病假，且已超过医疗期，同时既不能从事原工作也无法胜任用人单位另行安排的工作时，用人单位在遵守相关法律法规的前提下，可以解除劳动合同。但在此过程中，必须确保女职工的合法权益得到充分保障，比如支付经济补偿、提供必要的医疗救助等。
三、争议解决与法律救济途径
沟通协商：对于怀孕的女职工而言，如果因特殊原因需要长时间请假，建议提前与用人单位进行充分沟通，说明请假的原因、期限及必要的证明材料，以争取用人单位的理解和支持。
了解权益：女职工应充分了解自己的法律权益和相关规定，确保在请假过程中不违反用人单位的规章制度，同时也不损害自己的合法权益。
法律救济途径：如果因请假问题发生争议，女职工可以通过多种法律途径维护自己的合法权益。比如，向当地的劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等。在这些过程中，女职工可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。
赔偿责任：如果用人单位违法开除怀孕女职工，女职工有权要求用人单位继续履行劳动合同并恢复劳动关系。如果劳动合同已经不能继续履行或者女职工不要求继续履行的，用人单位应当按照经济补偿标准的二倍向女职工支付赔偿金。
综上所述，怀孕女职工请假超过三个月并不必然导致劳动关系的终止。关键在于女职工是否遵循了合法的请假流程以及是否严重违反了用人单位的规章制度。在处理此类问题时，应充分考虑女职工的特殊权益和法律规定，确保双方的合法权益都得到妥善保护。希望这些解答能够对您有所帮助。