关于工厂抽烟被罚款是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要综合考虑多个法律维度和实际情境来进行分析。
首先，从法律层面来看：
工厂无直接行政处罚权：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》，行政处罚只能由具有行政处罚权的行政机关实施。工厂作为非行政机关，并不具备直接的行政处罚权。因此，从严格的法律意义上讲，工厂直接对员工处以罚款（作为行政处罚）是不合法的。
规章制度与劳动合同的约束：
- 工厂可以通过制定合法有效的规章制度，并事先告知员工，来规范员工的行为。如果规章制度中明确规定了禁止在特定区域（如易燃易爆生产车间）抽烟，并规定了相应的处理措施（如扣除绩效奖金等，而非直接罚款），且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么工厂可以依据这些规定对违规员工进行处理。
- 同时，如果劳动合同中也包含了类似的规定，并且员工在签订合同时已知晓并同意，那么工厂同样可以依据劳动合同对违规员工进行处理。
其次，从实际操作和合理性角度来看：
工作环境安全与健康：
- 工厂有责任提供安全健康的工作环境，并采取必要措施保护员工免受危害。抽烟在工厂内，特别是在易燃易爆区域，可能引发火灾等安全事故，对员工和工厂财产造成威胁。因此，工厂制定并执行关于抽烟的规章制度是合理的。
罚款的合理性：
- 即使工厂有规章制度或劳动合同作为依据，罚款金额也应当合理。过高的罚款金额可能构成对员工权益的侵害，是不合法的。工厂应确保罚款金额与违规行为的性质和可能造成的影响相称。
举例说明：
- 假设某化工工厂制定了安全生产规章制度，明确规定在生产车间等易燃易爆区域禁止抽烟，并经过了职工代表大会讨论通过及全体员工公示。员工小李违规在车间抽烟，工厂根据规章制度扣除了他当月的部分绩效奖金。此情况下，由于工厂有合法有效的规章制度且员工已知晓并同意，工厂的处理方式通常是合法的。
- 相反，如果某工厂仅通过口头通知就对在厂区内抽烟的员工进行罚款，且未履行合法程序或与员工进行事先约定，那么这种罚款行为则可能是不合法的。
最后，给工厂和员工的建议：
- 对于工厂：应确保规章制度的合法性、有效性和透明度。在制定规章制度时，应遵循民主程序，确保内容不违反法律法规。同时，应避免直接以罚款作为管理手段，而是采取更合理、更人性化的处理措施。
- 对于员工：应了解并遵守工厂的规章制度。如有疑问或认为受到不公正对待，可向劳动部门投诉或寻求专业法律人士的帮助以维护自己的合法权益。
综上所述，工厂抽烟被罚款的合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况进行分析和判断。在制定和执行相关规定时，工厂应确保合法性和合理性，员工也应遵守相关规定并了解自己的权益。