在管护期间遇到立案的情况，通常涉及的是对特定资源（如珍稀林木、护堤护岸林木等）的保护和管理过程中出现的违法行为。针对这类问题，处理流程一般遵循行政处罚的相关规定。以下是一个详细的处理流程说明：
一、立案阶段
发现违法行为：管护单位或相关工作人员在日常巡查、群众举报或其他途径发现违法行为，如未按规定履行管护职责导致珍稀林木毁坏，或擅自砍伐护堤护岸林木等。
审查决定立案：对发现的违法行为进行审查，确认其是否符合立案条件。一旦决定立案，将启动后续的调查程序。
二、调查阶段
指定专人负责：对立案的案件，指定专人负责调查，确保调查的公正性和专业性。
组织调查取证：及时组织调查取证工作，收集与案件相关的证据材料，如现场照片、视频、证人证言等。
回避制度：与当事人有直接利害关系的调查人员应当回避，以确保调查的客观性。
出示执法证件：调查人员在调查时应出示执法证件，表明身份和调查权限。
听取陈述并记录：听取当事人的陈述和申辩，并做好记录，确保当事人的合法权益得到保障。
三、审查阶段
审查案件调查报告：对调查收集的证据材料进行审查，形成案件调查报告。
提出处理意见：根据案件违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度等方面进行审查，提出处理意见。如果主要证据不足，应以适当的方式补充调查。
四、告知阶段
制作告知书：在作出行政处罚决定前，应制作《行政处罚事先告知书》送达当事人，告知其违法事实及其享有的陈述、申辩等权利。
听证告知：如果符合听证规定，还应制作并送达《行政处罚听证告知书》，告知当事人有权要求听证。
五、决定阶段
集体讨论（如适用）：对于重大行政处罚案件，应依照相关规定进行集体讨论，确保处罚决定的公正性和合理性。
制作决定书：制作行政处罚决定书，载明行政处罚告知、当事人陈述申辩或者听证情况等内容。
六、送达与执行阶段
送达决定书：将行政处罚决定书按照法定方式送达当事人，确保其知悉处罚内容。
执行处罚：依照生效的行政处罚决定书，执行罚款、吊销证件等相应行政处罚。
七、追责与监督
追责情形：如果从事资源保护和管理工作人员滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊，将由其所在单位或者主管部门给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
监督机制：整个处理流程应接受上级行政机关或相关部门的监督，确保处罚的合法性和公正性。
具体案例参考
对于珍稀林木保护和管理单位及其工作人员未按规定履行管护职责造成毁坏的，根据《内蒙古自治区珍稀林木保护条例》等相关规定，将责令补种毁坏株数一至三倍的珍稀林木，并处毁坏林木价值三至五倍的罚款。
对于擅自砍伐护堤护岸林木的，根据《中华人民共和国河道管理条例》等相关规定，县级以上地方人民政府河道主管机关将责令纠正违法行为、采取补救措施，并可以并处警告、罚款等行政处罚。
综上所述，管护期间立案的处理流程是一个严谨、系统的过程，涉及多个阶段和多个方面的考虑。希望这个解答能够帮助您更好地理解和处理相关问题。