关于病假扣年终奖是否合法的问题，结论前置如下：

1. 若用人单位规章制度合法且明确规定病假与年终奖的关联计算方式，且该规定合理，则扣除年终奖可能合法。
2. 若规章制度中无相关规定、规定不明确或规定不合理，则用人单位不得随意扣除员工年终奖。

详细分析如下：

一、用人单位自主权与规章制度

根据《中华人民共和国劳动法》第四十七条，用人单位有权自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，这自然包括年终奖的发放规则。然而，这种自主权并非无限制的，它必须受到法律法规的约束，并且用人单位的规章制度需经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），并向劳动者公示告知。只有符合这些要求的规章制度，才能作为年终奖扣除的依据。

举例说明：假设某公司规章制度中明确规定，员工病假超过一定天数（如15天），年终奖将按一定比例（如50%）扣除。若该规定经过民主程序制定并公示告知，且扣除比例合理，那么公司依据此规定扣除员工年终奖可能是合法的。

二、病假与年终奖的关系

年终奖通常是对员工一年工作业绩的肯定，基于绩效考核结果发放。员工请病假期间，可能无法正常履行工作职责，从而影响工作业绩和绩效考核结果。因此，用人单位可能会根据员工的实际出勤情况和工作表现调整年终奖。但即便如此，用人单位在扣除年终奖时也应遵循合理性原则，对于因严重疾病需要长时间治疗休息的员工，应给予适当照顾，避免过度扣除。

法律约束：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，用人单位不得克扣或无故拖欠员工工资，包括年终奖。扣除年终奖必须有明确的规章制度依据，且金额必须合理。对于处于医疗期内的员工，根据相关法律法规，用人单位在支付病假工资或疾病救济费的同时，不得大幅不合理地扣除年终奖。

三、员工权益维护

若员工对年终奖扣除有异议，可采取以下措施维护权益：

1. 与用人单位沟通协商：首先尝试与用人单位沟通，了解年终奖扣除的具体原因和依据，并表达自己的异议和诉求。
2. 向劳动监察部门投诉：若协商不成，可向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位改正。
3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：若投诉无果，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付未足额发放的年终奖；对仲裁结果不服的，还可向人民法院提起诉讼。

操作建议：员工在面临年终奖扣除问题时，应及时了解自己的权益和维权途径，保留好相关证据（如病假证明、年终奖发放记录、用人单位规章制度等），以便在需要时维护自己的合法权益。

综上所述，病假扣年终奖的合法性取决于用人单位的规章制度是否合法、合理，并且是否经过民主程序制定及公示告知。员工在遇到此类问题时，应积极采取措施维护自己的合法权益，并通过法律途径寻求帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。