小区地下停车位收费在符合相关法律法规和合同约定的情况下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与产权归属
《中华人民共和国民法典》相关规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第二百七十五条，建筑区划内规划用于停放汽车的车位、车库的归属，由当事人通过出售、附赠或者出租等方式约定。这意味着，如果开发商或物业公司拥有地下停车位的产权或使用权，他们有权决定如何处置这些车位，包括出租并收取费用。
- 占用业主共有的道路或者其他场地用于停放汽车的车位，属于业主共有。但这并不直接排除对这类车位进行合理管理并收取必要费用的可能性，关键在于是否经过业主共同决定并符合相关程序。
产权归属的多样性：
- 开发商产权：若地下停车位是在小区规划范围内，且开发商通过合法程序取得了停车位的产权（包括利用人防工程改建但未计入公摊面积的停车位），开发商有权收费。
- 业主共有产权：若停车位是占用业主共有的道路或其他场地，或已作为公摊面积被业主分摊购买，则属于全体业主共有。此时，是否收费及收费标准应由业主共同决定。
- 人防车位：作为国防资产的组成部分，人防车位所有权归国家。开发商无权出售，但可通过租赁方式提供给业主使用并收取租金，需遵守相关法律法规和人防部门规定。
二、收费合法性的条件
产权或使用权明确：
- 开发商或物业公司必须拥有地下停车位的合法产权或使用权，这是收费的前提。
收费标准合理：
- 收费应基于合理的成本考虑和服务水平，不能过高或过低。收费标准通常需在物业服务合同中明确约定，并向业主公示，确保透明度和合理性。
程序合法：
- 收费前应进行充分的沟通和协商，确保业主的知情权和参与权。对于重大收费调整，可能需要召开业主大会进行讨论和表决。
- 收费行为必须符合相关法律法规的规定，不得存在欺诈、胁迫等违法行为。
三、特殊情况下的收费问题
人防车位租赁：
- 人防车位租赁需遵守相关法律法规和人防部门的规定，确保战时功能不受影响。租赁合同应明确双方的权利和义务，包括租金、租赁期限等。
违规收费的处理：
- 如果物业公司未经业主同意擅自提高收费标准或增设收费项目，或利用小区公共区域设置停车位并私自收费，均属违法。业主有权向相关部门投诉并要求退还多收的费用，必要时可通过法律途径维护自身权益。
四、建议与总结
- 明确产权归属：业主在面对停车位收费问题时，应首先明确停车位的产权归属，这是判断收费合法性的基础。
- 了解收费标准与程序：业主应了解收费标准是否合理、程序是否合法，确保自身权益不受侵害。
- 积极沟通与协商：业主与开发商、物业公司之间应保持积极沟通，共同协商解决停车位收费问题。
- 依法维权：如认为收费不合理或不合法，业主可通过合法途径维护自身权益，如向相关部门投诉、提起诉讼等。
总之，小区地下停车位收费的合法性取决于产权归属、收费标准与程序的合法性等多个因素。业主在面对此类问题时，应保持理性态度，依法依规行事，以维护双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。