公司针对员工罚款的合法性确实是一个需要细致分析的问题，它并非一概而论地合法或不合法，而是取决于多种因素和具体条件。
一、一般情况下的不合法性
法律依据的缺失：自《企业职工奖惩条例》废止后，我国法律并未明确赋予用人单位对劳动者进行罚款的权力。因此，除非有特别的法律法规规定，否则公司对员工罚款通常被视为不具有合法性。
公司规章制度的限制：根据《劳动合同法》，公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，必须经过民主程序，即与职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。如果公司未经此程序就制定了包含罚款内容的规章制度，那么该规章制度对员工不具有约束力，依据其进行的罚款也是不合法的。此外，即使规章制度经过了民主程序，如果其中的罚款规定违反了法律、法规的强制性规定，如罚款数额过高，严重影响了员工的基本生活，那么这些规定也是无效的。
二、特殊情况下的合法性
尽管在大多数情况下公司罚款员工是不合法的，但在某些特定情况下，公司可能有权要求员工承担一定的经济责任。例如，根据《工资支付暂行规定》第十六条，如果劳动者因本人原因给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。在这种情况下，公司可以从劳动者的工资中扣除赔偿金额，但扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地的月最低工资标准。需要注意的是，这种情况下的扣除工资是基于员工对单位造成的实际损失而承担的赔偿责任，与一般的罚款性质是不同的，并且有明确的扣除比例和底线限制。
三、员工权益保护与建议
如果员工认为公司的罚款行为不合法，首先可以尝试与公司进行协商解决。如果协商不成，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。对于公司而言，为了合法、合理地管理员工，建议公司建立完善的规章制度，明确可罚款的情形、标准和程序，并确保这些规章制度不违反法律法规的强制性规定。同时，公司应加强与员工之间的沟通和交流，确保员工了解公司的规章制度和罚款政策，并定期对员工进行培训和教育，提高员工的法律意识和合规意识。
综上所述，公司对员工的罚款行为并非一概而论地合法或不合法，而是需要根据具体情况来判断。在大多数情况下，由于法律未赋予公司罚款权力，且公司规章制度制定程序和内容需严格遵守法律规定，因此罚款行为往往被视为不合法。然而，在特定情况下（如员工因个人原因给公司造成经济损失），公司有权要求员工赔偿损失，并从其工资中合理扣除。员工在面对公司罚款时，应了解自己的合法权益，并采取适当措施进行维权。