公司扣底薪是否违法，需根据具体情况判断，一般情况下属于违法，但也存在合法扣减的特殊情形。以下是对此问题的详细分析：
一般情况下属于违法
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。底薪作为工资的基本组成部分，同样受到这一法律原则的保护。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
劳动合同约定：
- 如果劳动合同明确约定了基础底薪的金额及支付方式，且用人单位没有合理合法的理由就擅自扣减基础底薪，这种行为是违法的。劳动合同具有法律效力，双方都应当按照合同约定履行各自的义务。
存在合法扣减的特殊情形
尽管一般情况下不得扣减底薪，但在以下特殊情形下，公司扣发底薪具有一定的合理性：
代扣代缴费用：
- 如社保、个税等，这是公司依法履行的义务，可以从员工的工资中扣除相应的费用。
员工个人原因造成损失：
- 如果因员工本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地的最低工资标准。
- 员工请事假等未提供正常劳动的情况下，用人单位可以不支付事假期间的工资，相应扣减基础底薪中对应比例的部分。
符合规章制度规定：
- 用人单位有明确、合理且经过民主程序制定并向劳动者公示的规章制度，其中规定了某些情形下可以扣减基础底薪，并且该扣减行为符合规章制度的具体规定。例如，规章制度明确规定员工连续旷工一定天数将扣减一定比例的基础底薪。
- 用人单位需承担举证责任，证明规章制度的制定程序合法、内容合理且已向劳动者公示。
绩效工资不达标（需注意区分）：
- 虽然绩效工资的扣除不属于底薪范畴，但如果绩效考核制度中有明确规定，且该制度合法有效，那么公司可以根据绩效考核结果扣除相应的绩效工资部分。
员工权益保障
如果员工认为用人单位扣减基础底薪的行为违法，可以采取以下措施维护自己的合法权益：
协商沟通：
- 首先与用人单位协商沟通，要求其说明理由并纠正错误做法。
投诉或仲裁：
- 如果协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。根据《劳动保障监察条例》第二十六条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付，并可能加付赔偿金。
总结与建议：
- 员工应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解自己的权益和公司的规定。
- 如果公司扣减底薪，员工应要求公司说明理由，并核实是否符合法律法规和合同约定。
- 如认为公司行为违法，员工应及时采取协商、投诉或仲裁等措施维护自己的权益。
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