自离是否会扣工资，需根据具体情况来判断，一般情况下单位不得无故克扣工资，但在特殊情形下，如给单位造成经济损失或未提前通知离职，单位可以合理扣除部分工资。以下从不同角度为你详细分析：
一、一般情况下的工资支付
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条以及《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，劳动者提供正常劳动后，用人单位有义务按月以货币形式支付相应的工资报酬。这意味着，即使劳动者选择自行离职（自离），对于其实际工作期间所产生的劳动成果，用人单位也应当按照约定支付工资，不得无故克扣或拖欠。例如，员工在本月工作了10天后自离，用人单位应支付这10天的工资。
二、特殊情形下的工资扣除
给单位造成经济损失
- 如果劳动者的自离行为给用人单位造成了直接经济损失，且用人单位能够证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者进行赔偿。这种赔偿可以从劳动者的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则用人单位需按最低工资标准支付。
- 举例来说，员工自离导致公司一项重要业务中断，造成直接经济损失5000元。若该员工当月工资为3000元，则公司每月最多只能扣除600元（3000元的20%）作为赔偿，直至赔偿完毕。若扣除600元后剩余工资为2400元，高于当地最低工资标准，则按2400元支付；若低于最低工资标准，则按最低工资标准支付。
未提前通知的代通知金（需合同有约定）
- 如果劳动合同中有明确约定，劳动者未提前通知用人单位而擅自离职需要支付相当于一定时间工资的代通知金，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可以依据约定扣除相应金额。然而，需要注意的是，各地司法实践对于这种约定的效力认定可能存在差异。
三、劳动者的权益保障与维权途径
- 用人单位在扣除工资时，必须有明确的法律依据或合同约定，并且要遵循法定程序。如果劳动者认为用人单位克扣工资的行为不合理或不合法，首先可以与用人单位协商解决；协商不成的，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 投诉时，劳动者应准备好相关证据，如工资条、工作记录、与用人单位的沟通记录等，以证明自己的权益受到侵害。申请劳动仲裁时，需按照仲裁机构的要求提交仲裁申请书及相关证据材料。
四、其他注意事项
- 无论员工是否自离，公司都应支付员工已提供劳动部分的工资。即如果员工在离职前已经为公司工作了一段时间，公司应该按照员工实际出勤的天数支付工资。
- 劳动者在离职前应尽可能与用人单位进行充分沟通，并按照法律规定提前通知用人单位，以减少不必要的纠纷。若遇到工资扣除问题，劳动者应及时寻求法律帮助，维护自己的合法权益。
综上所述，自离是否会扣工资并非一概而论，而是需要根据具体情况来判断。在任何情况下，用人单位都应遵守法律规定，确保劳动者的合法权益不受侵害。同时，劳动者也应了解自己的权利和义务，在遇到问题时及时向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。