领导扣员工工资是否合法，需根据扣款的具体原因和依据来判断，不能一概而论。以下从合法与不合法两种情形进行详细分析：
合法扣款情形
法定代扣代缴项目
- 个人所得税：根据《中华人民共和国个人所得税法》，用人单位有义务从员工工资中代扣代缴个人所得税。这是法律规定的义务，扣款合法。
- 社会保险费用：依据《中华人民共和国社会保险法》，用人单位可从员工工资中代扣代缴职工个人应缴纳的社会保险费用部分，包括基本养老保险、基本医疗保险和失业保险。这也是法律允许的扣款。
- 住房公积金：若单位为员工缴纳公积金，可按规定比例代扣代缴，同样属于合法扣款。
- 法院判决或裁定要求的款项：如赡养费、抚养费、扶养费等，用人单位根据法院判决或裁定代扣代缴，也是合法的。
基于规章制度且合法的扣款
- 经济损失赔偿：按照《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可要求赔偿，并从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且不得低于当地月最低工资标准。例如，员工因操作失误导致设备损坏，经评估损失为5000元，单位可从其工资中分月扣除合理部分，这种扣款是合法的。
- 绩效考核不达标：若劳动合同或规章制度明确约定绩效与薪酬挂钩，单位可根据考核结果调整绩效工资。例如，销售岗位设定季度业绩目标，未达标者按规则扣减绩效奖金，这也是合法的。
- 事假扣款：员工请事假期间，单位可不支付相应天数工资，但需确保扣款计算符合法律规定，这种扣款同样合法。
不合法扣款情形
无合法依据的罚款
- 单位不得以迟到、早退等为由随意罚款，除非规章制度经过民主程序制定并已公示。例如，单位临时规定“迟到一次罚款50元”但未履行法定程序，该扣款无效，属于不合法扣款。
拖欠或克扣工资
- 无正当理由延迟发放或拒付工资属于违法行为。例如，单位以经营困难为由连续三个月未发工资，构成拖欠工资，是不合法的。
违反最低工资标准
- 扣款后实发工资不得低于当地最低工资标准。例如，某地最低工资标准为2000元/月，单位扣款后仅支付1800元，则超出部分扣款违法。
强迫劳动或变相惩罚
- 以扣工资方式迫使员工加班、放弃休假等行为均属非法。例如，单位威胁“不加班就扣奖金”，此类扣款无效，是不合法的。
员工维权途径
面对不合法扣工资，员工可采取以下措施维护权益：
- 与公司协商：首先尝试与公司沟通，了解扣工资原因和依据，表达诉求，看是否能够解决问题。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，请求调查处理。劳动监察部门将依法对用人单位进行调查，并责令其限期支付克扣的工资。
- 申请劳动争议仲裁或提起诉讼：对劳动监察部门处理结果不满时，可申请劳动争议仲裁或向法院提起诉讼。在诉讼过程中，劳动者需要提供充分的证据来支持自己的主张，并要求用人单位支付克扣的工资及承担相应的赔偿责任。
在维权过程中，劳动者务必注意收集并妥善保存相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、银行流水等。这些证据将有助于证明劳动者的主张，并为其维权之路提供有力的支持。
综上所述，领导扣员工工资是否合法，需根据具体情况判断。员工在面对不合法扣工资时，应依法维权，确保自身合法权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。