因保护国家保护动物造成的损失，一般情况下由当地人民政府给予补偿；但在特定情况下，如动物园动物致损或相关部门管理不力，责任承担方可能有所不同。以下是对不同情况的详细分析：
一、一般情况下的责任与补偿
法律依据：
- 根据《中华人民共和国野生动物保护法》第十九条，因保护本法规定保护的野生动物，造成人员伤亡、农作物或者其他财产损失的，由当地人民政府给予补偿。具体办法由省、自治区、直辖市人民政府制定。
- 同时，《中华人民共和国民法典》第二百五十一条也规定，法律规定属于国家所有的野生动植物资源，属于国家所有，因此国家对其所有野生动物造成的损失承担责任。
申请补偿流程：
- 受损人需及时向当地林业部门或相关野生动物保护管理机构报告损失情况。
- 配合工作人员进行现场勘查、核实损失。
- 按照当地规定的补偿程序，提交相应的证明材料和申请，如损失清单、照片、视频证据等。
- 等待政府部门审核与补偿发放。
补偿经费与来源：
- 地方人民政府可以推动保险机构开展野生动物致害赔偿保险业务，为受损人提供额外的赔偿渠道和保障。
- 中央财政对预防、控制国家重点保护野生动物和其他致害严重的陆生野生动物造成危害的措施以及实行补偿所需经费予以补助。
二、特殊情况下的责任承担
动物园动物造成的损失：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千二百四十八条，动物园的动物造成他人损害的，动物园应当承担侵权责任，除非能证明尽到管理职责。例如，游客在动物园被动物抓伤，若动物园不能证明其无过错，则需赔偿医疗费、误工费等合理费用。
相关部门管理不力导致的损失：
- 如果野生保护动物造成的损失是由于相关部门管理不力导致的，如野生动物保护主管部门未能采取有效措施防止损害发生，那么这些部门可能需要承担责任。例如，野生动物因管理不善进入居民区造成损害，相关部门可能需要承担相应的赔偿责任。
第三人过错：
- 如果是因第三人过错致使野生动物造成他人损害的，被侵权人可以向野生动物保护管理等相关部门请求补偿，也可以直接向第三人请求赔偿。例如，第三人故意引诱野生动物进入他人领地造成损害，第三人应承担相应的赔偿责任。
三、建议与注意事项
- 及时报告与申请：受损人应及时向相关部门报告损失情况，并按照规定的程序进行申请补偿，以确保损失得到及时记录和调查。
- 保留证据：在申请补偿时，受损人应提交相关证明材料，如损失清单、照片、视频证据等，以证明损失的真实性和程度。
- 法律保护意识：对于受法律保护的野生动物，即使其造成损失，也不能随意伤害或捕杀。应联系当地野生动物管理部门或专业救援机构处理。
综上所述，因保护国家保护动物造成的损失，其责任承担主体主要依据具体情况而定。在一般情况下，由国家（通过当地人民政府）负责补偿；但在特殊情况下，如动物园管理不善或相关部门管理不力，以及第三人过错等情形，责任承担方会有所不同。因此，在处理此类问题时，应仔细分析具体情况，并依据相关法律法规进行妥善处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。