软件著作权的管理与登记主要涉及国家版权局及其下属机构中国版权保护中心，同时地方版权行政管理部门也提供辅助和支持服务。以下是对这一问题的详细解析：

一、软件著作权的管理部门

1. 国家版权局

   • 性质与地位：作为国务院著作权行政管理部门，国家版权局主管全国的著作权管理工作，包括软件著作权。
   • 主要职责：制定著作权相关政策、办法及战略纲要，处理著作权侵权纠纷，批准设立著作权集体管理机构等，并组织推进软件正版化工作。

2. 地方版权行政管理部门

   • 设置与职责：各省、自治区、直辖市人民政府设立的版权局或承担版权管理职能的部门，负责本行政区域内的著作权管理工作，包括软件著作权。它们业务上接受国家版权局的指导，对当地的著作权登记、使用情况进行监督管理，及时发现和处理侵犯著作权的行为。

二、软件著作权的登记部门

1. 中国版权保护中心

   • 性质与职责：中国版权保护中心是国家设立的综合性的著作权社会管理和社会服务机构，依据《计算机软件著作权登记办法》，承担全国软件著作权登记的具体工作。
   • 办理流程：
     1. 准备材料：申请人需按要求填写软件著作权登记申请表，并提供软件的鉴别材料（如程序和文档的鉴别材料）以及相关的证明文件（如自然人、法人或其他组织的身份证明）。
     2. 提交申请：申请材料可通过网上提交或到中国版权保护中心登记大厅现场提交。
     3. 审查：中国版权保护中心会对提交的申请材料进行严格审查，如发现材料存在问题，会及时通知申请人进行补正。
     4. 登记发证：经审查符合规定的，中国版权保护中心将予以登记，并颁发相应的登记证书，同时进行公告。

2. 地方版权行政管理部门在登记中的角色

   • 地方版权行政管理部门在软件著作权登记工作中主要起到宣传、指导和初步材料接收等作用。它们可以接收软件著作权登记申请材料，并协助中国版权保护中心开展相关工作，但最终的登记审批和证书发放仍由中国版权保护中心负责。

三、实际操作建议

1. 明确著作权归属：在涉及软件开发的合作中，应务必通过书面合同明确约定软件著作权的归属，以避免后续产生法律纠纷。
2. 及时登记：为确保软件著作权的有效性，建议在软件开发完成后及时办理著作权登记手续，为维权提供有力证据支持。

四、法律后果与维权

• 若软件著作权受到侵害，著作权人可依法向人民法院提起诉讼，要求侵权人承担停止侵害、赔偿损失等民事责任。
• 在涉及软件著作权的刑事案件中，人民检察院将依法审查起诉侵犯著作权犯罪行为，代表国家提起公诉，追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

综上所述，软件著作权的管理与登记是一个涉及多个部门和层面的综合性工作。国家版权局及其下属机构中国版权保护中心是核心力量，负责全面的管理和监督工作。同时，地方版权行政管理部门也提供辅助和支持服务。在实际操作中，相关当事人应充分了解并遵循相关法律法规，通过明确约定和及时登记来有效保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的帮助，可直接向我咨询。