农村自建房盖三层是否合法，需根据具体情况综合判断，不能一概而论。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 法律基础与普遍标准

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国城乡规划法》，农村建房必须遵循规划和审批程序。
   • 一般来说，农村建房最高不超过5层，但具体层高和层数可能因地区差异而有所不同。各地会根据实际情况调整执行标准，比如南北差异导致的建筑规范不同。

2. 合法审批与建设情况

   • 合法审批：若建房者已按照当地规定提出建房申请，并经乡镇政府审核批准，取得了所有必要的合法手续（如宅基地用地审批、乡村建设规划许可证等），且严格按照审批的规划设计要求进行建设（包括层数、面积、高度等），则三层自建房是合法的。
   • 未经审批或超出审批范围：未向相关部门提出申请或申请未获批准即自行建造三层房屋，或者实际建设超出审批所规定的层数、面积、高度等范围，均构成违建。

3. 符合地方政策与规划要求

   • 自建房需符合所在地区的宅基地面积标准、建筑层数限制、建筑高度限制等具体政策要求。
   • 如果地方政策或规划对特定区域有特殊要求（如保护村落风貌只允许建一层），则即使办理了部分手续，不符合整体规划要求的仍属违建。

4. 建筑安全考虑

   • 修建三层房屋对建筑技术和质量要求更高。必须确保房屋结构稳定、安全可靠，选择有资质、有经验的专业施工队伍和设计方案，并严格遵守相关的建筑规范和安全标准。

建议与注意事项：

• 查清土地性质：确保建房地块为宅基地或其他合法用地，避免在耕地或不符合规划的区域建房。
• 完善审批手续：按照规定的流程办理审批手续，避免“未批先建”导致的法律风险。
• 咨询当地规定：在建房前咨询当地土地管理部门或建设规划部门，了解具体的建房规定和限制，确保建房符合地方政策与规划要求。
• 注重建筑安全：选择专业的施工队伍和设计方案，确保房屋的安全可靠。

总结：农村自建房盖三层是否合法，需综合考虑土地性质、规划要求、审批程序以及实际建设情况等多个因素。建房者应严格遵守当地的法律法规和规划要求，确保建房的合法性。在遇到疑问或需要进一步了解相关法律问题时，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。