公司查员工后备箱一般是不合法的，但存在例外情况。以下从不同角度为你详细分析：

一、从隐私权保护角度

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，自然人享有隐私权，任何组织或者个人不得以刺探、侵扰、泄露、公开等方式侵害他人的隐私权。员工后备箱属于员工的私人空间，其中可能存放有员工的个人物品，这些物品往往与员工的个人隐私相关。因此，在未经员工同意的情况下，公司无权擅自检查员工后备箱，否则可能构成对员工隐私权的侵犯。

二、从公司管理权限角度

虽然公司作为用人单位，对员工负有一定的管理职责，但这种管理职责并不包括对员工私人空间的随意搜查。公司管理权的行使应当受到法律的限制，不得侵犯员工的合法权益。如果公司认为有必要对员工进行搜查，应当事先征得员工的同意，或者在符合法律规定的条件下，由公安机关等执法部门进行。

三、例外情况

当然，也存在一些例外情况。例如，如果公司有合理的理由怀疑员工携带了违禁品或公司财物，且这种怀疑有充分的证据支持，那么公司可以在确保安全的前提下，对员工进行必要的检查。但这种检查应当限于合理的范围，且应当尽量避免侵犯员工的隐私权。具体来说，如果公司决定进行检查，应当：

1. 事先告知员工：公司应当明确告知员工检查的原因、范围和方式，以便员工做好相应的准备。
2. 确保检查的合理性：检查应当限于必要的范围，避免对员工造成不必要的困扰或侵犯。
3. 尊重员工的意愿：如果员工明确表示拒绝检查，公司应当尊重员工的意愿，不得强行进行检查。

四、法律后果

如果公司未经员工同意擅自检查员工后备箱，且该行为被认定为侵犯员工隐私权，那么公司可能面临法律责任。员工有权要求公司停止侵害、赔礼道歉、赔偿损失等。在严重的情况下，公司还可能面临行政处罚或刑事责任。

五、建议

1. 对于员工：如果公司未经同意擅自检查你的后备箱，你可以明确表示拒绝，并要求公司停止侵害你的隐私权。如果公司不听劝阻，你可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
2. 对于公司：建议公司在管理员工时，尊重员工的合法权益，避免采取过激或违法的手段。如果确实有必要对员工进行检查，应当事先征得员工的同意，并确保检查的合法性和合理性。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。