在民事诉讼中，案由和法律关系的改变是一个需要细致处理且遵循严格法律程序的过程。这关乎到诉讼的公平、效率以及案件能否得到准确、公正的审理。以下是对这一问题的详细解答：

一、案由变更的情形与法律依据

1. 法律关系性质不一致：

   • 当当事人主张的法律关系性质与法院认定不一致时，例如原告以民间借贷纠纷起诉，但法院在审理过程中认为实际法律关系为不当得利，此时应变更案由以准确反映案件实质。
   • 法律依据：根据《最高人民法院关于印发〈民事案件案由规定〉的通知》，人民法院在确定案由时应根据当事人诉争的法律关系性质来确定。若法律关系发生变化或法院查明的事实与最初认定的不一致，应变更案由。

2. 新事实导致新法律关系：

   • 诉讼过程中可能出现新事实，使得当事人需要依据另一种法律关系来主张权利。例如，在合同纠纷中发现对方存在侵权行为，此时可申请变更为侵权纠纷。
   • 法律依据：虽然直接的法律条文可能未明确提及新事实导致案由变更，但根据《中华人民共和国民事诉讼法》关于诉讼请求变更的规定，以及法院对案件事实和法律关系的全面审查原则，可以合理推断出新事实可能导致案由的变更。

二、变更申请的时间与方式

1. 一审程序中：

   • 通常应在法庭辩论终结前提出书面或口头申请（口头申请后需补交书面材料），以确保诉讼程序的正常进行。
   • 操作建议：当事人应尽早识别案由可能变更的情况，并及时向法院提出申请，避免延误诉讼进程。

2. 二审程序中：

   • 原则上不允许变更案由，因为二审程序主要是对一审判决的审查和确认。
   • 特殊情况：但基于新证据、新事实且符合再审事由的特殊情况，经法院严格审查后可能允许变更。这通常涉及对案件事实的重新认定和法律关系的重新梳理。

三、变更申请的准备与提交

1. 初步评估：

   • 详细回顾原案由的法律依据和事实基础，识别可能更合适的新案由。
   • 确保新案由有充分的法律和事实支持，避免盲目变更导致诉讼风险增加。

2. 撰写申请书：

   • 清晰阐述原案由、变更后的案由及变更理由。
   • 附上相关证据材料以支持变更请求，如新发现的证据、法律条文等。

3. 向受诉法院提交：

   • 遵守法院的格式要求和提交期限，将申请书及附件提交至受理案件的法院。
   • 与主审法官进行沟通，解释变更的必要性和合理性，争取法院的支持和理解。

四、法院的审查与处理

1. 形式审查：

   • 检查申请是否符合要求，包括时间、内容、格式等。
   • 确保申请书的完整性和规范性，避免因形式问题导致申请被驳回。

2. 实质审查：

   • 评估变更的必要性和合理性，判断新案由是否与案件事实、证据及当事人主张的权利义务关系相契合。
   • 法院会综合考虑案件的整体情况，包括法律关系、争议焦点、证据充分性等因素，来决定是否准许变更。

3. 处理结果：

   • 准许变更：法院会重新确定举证期限等相关诉讼事项，保障双方充分举证、质证和辩论。
   • 不准许变更：法院会说明理由，当事人不服可依法提起上诉或申请再审。

五、变更后的后续程序与注意事项

1. 调整诉讼策略：

   • 根据新案由重新梳理诉讼请求，确保与新的法律关系相适应。
   • 重新评估案件的风险和胜诉可能性，制定更为合理的诉讼策略。

2. 重新分配举证责任：

   • 明确双方在新案由下的举证责任分配规则。
   • 根据新的法律关系和争议焦点，合理分配举证责任，确保诉讼的公平性和效率性。

3. 庭审程序调整：

   • 围绕新案由和诉讼请求组织庭审，当事人需按新要求陈述、举证、质证和辩论。
   • 庭审过程中，当事人应密切关注法院的引导和要求，积极配合庭审的进行。

4. 注意事项：

   • 及时性：尽早识别并提出变更申请，避免延误诉讼进程和增加诉讼成本。
   • 充分性：确保变更申请有充分的法律和事实依据，避免盲目变更导致诉讼风险增加。
   • 沟通性：与法官保持良好沟通，及时了解法院意见和要求，争取法院的支持和理解。
   • 灵活性：根据案件发展和法院决定灵活调整诉讼策略，确保诉讼的顺利进行和案件的公正审理。

综上所述，民事诉讼中案由和法律关系的改变是一个复杂但必要的程序。当事人应充分了解法律规定和程序要求，精心准备申请材料，并与法院进行有效沟通，以确保案件的公正、高效解决。