限制公民人身自由的行政强制措施只能由法律设定。以下是对这一问题的详细分析：

法律设定权限的明确性

根据《中华人民共和国行政强制法》及相关法律法规的规定，限制公民人身自由的行政强制措施因其直接关乎公民的基本权利和自由，其设定权限被严格限定在法律层面。这意味着，只有全国人民代表大会及其常务委员会通过的法律才能设定此类措施，行政法规、地方性法规、规章等其他规范性文件均无权设定。

法律设定的具体情形

法律可以设定各种行政强制措施，包括但不限于限制公民人身自由的措施。例如，《中华人民共和国治安管理处罚法》中关于对违反治安管理行为人进行行政拘留的规定，即是由法律设定的典型例子。这些规定明确了在何种情形下可以采取限制公民人身自由的措施，以及采取这些措施的具体程序和条件。

行政法规、地方性法规的设定限制

虽然行政法规和地方性法规在行政管理中发挥着重要作用，但它们在设定行政强制措施方面受到严格限制。具体来说，行政法规只能设定除限制公民人身自由、冻结存款汇款和应当由法律规定的行政强制措施以外的其他行政强制措施。地方性法规则只能设定查封场所、设施或者财物以及扣押财物的行政强制措施，且这些设定必须基于尚未制定法律、行政法规，且属于地方性事务的前提。

禁止性规定的重要性

为了确保行政强制措施设定的合法性、严肃性和规范性，法律明确规定，法律、法规以外的其他规范性文件，如部门规章、地方政府规章等，不得设定行政强制措施。这一禁止性规定旨在防止行政权力的滥用，保护公民、法人和其他组织的合法权益不受非法侵害。

实际应用中的注意事项

在实际应用中，行政机关在采取限制公民人身自由的行政强制措施时，必须严格遵守法律法规的规定，确保措施的合法性和合理性。同时，行政机关还应当充分尊重并保障当事人的合法权益，如告知当事人采取行政强制措施的理由、依据及其享有的权利、救济途径等。如果行政机关违法实施限制公民人身自由的行政强制措施，公民有权依法要求国家赔偿。

总结来说，限制公民人身自由的行政强制措施只能由法律设定，这是保障公民基本权利和自由的重要法律原则。如果你在行政强制措施方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。