超过诉讼时效的主要法律后果是权利人将丧失胜诉权，但其实体权利并不消灭，义务人获得抗辩权并可自愿履行，同时法院不得主动适用诉讼时效，除非义务人提出抗辩。以下是对这一结论的详细阐述：

一、胜诉权的丧失与实体权利的保留

1. 胜诉权丧失：诉讼时效期间届满后，权利人向法院提起诉讼，若义务人提出时效抗辩，法院将不会支持权利人的诉讼请求，即权利人丧失胜诉权。这意味着，尽管权利人仍然享有该权利，但在法律上可能无法获得胜诉的结果。例如，甲借给乙10万元，约定1年后还款。3年后，甲才向法院起诉要求乙还款。若乙以诉讼时效已过为由抗辩，法院将驳回甲的诉讼请求。

2. 实体权利保留：胜诉权的丧失并不意味着权利人的实体权利（如债权、物权）本身消灭。义务人若自愿履行，权利人仍有权接受，且履行后不得以诉讼时效已过为由要求返还。继续以上述例子说明，若乙在诉讼时效届满后，仍然选择还款给甲，甲有权接受且不需返还。

二、义务人的抗辩权与自愿履行

1. 抗辩权：诉讼时效期间届满，义务人获得抗辩权，可以拒绝履行债务而不受法律追究。这是法律对义务人的一种保护，防止权利人长时间不行使权利，导致义务人长期处于不确定的法律状态。

2. 自愿履行：即使诉讼时效已过，义务人仍可选择自愿履行债务。一旦履行，不得以不知诉讼时效已过为由要求返还。这体现了私法自治原则，即当事人有权根据自己的意愿处分自己的权利和义务。

三、法院的被动地位与时效利益的抛弃

1. 法院不得主动适用：在诉讼过程中，法院不会主动审查案件是否超过诉讼时效并据此作出裁判。这是为了保护权利人的诉讼权利，防止法院因主动适用诉讼时效而损害权利人的利益。法院需要由义务人提出诉讼时效抗辩，才会进行审查。

2. 时效利益的抛弃：时效期间届满后，义务人可以选择抛弃其取得的时效利益。一旦抛弃，视为时效期间未届满，重新开始计算时效期间。这同样体现了私法自治原则，允许义务人根据自己的意愿选择是否行使抗辩权。

四、特殊情况下的诉讼时效适用及限制

1. 特殊约定：当事人之间的特殊约定可能影响诉讼时效的适用。例如，如果法律规定某类债权的诉讼时效为5年，而当事人约定为3年，则以约定为准。但需要注意的是，这种约定不得违反法律的强制性规定和公序良俗。

2. 法律规定的特殊诉讼时效：在某些特定情况下，如涉及公共利益或弱势群体保护，法律可能规定更长的诉讼时效或不允许通过约定缩短。例如，对于环境污染损害赔偿请求权，法律可能规定了更长的诉讼时效期间，以保护受害人的合法权益。

五、实际操作建议

1. 及时行使权利：为了避免超过诉讼时效的风险，权利人应及时行使自己的权利，如及时起诉、申请仲裁等。

2. 保留证据：权利人在行使权利的过程中，应保留好相关证据，如借条、合同、转账记录等，以便在诉讼中证明自己的权利。

3. 关注诉讼时效的中断和中止：在诉讼时效期间内，如果发生法定事由导致诉讼时效中断或中止，权利人应及时了解并利用这些规定来延长诉讼时效期间。

4. 咨询专业律师：在涉及诉讼时效的问题时，由于法律规定的复杂性和专业性，建议权利人咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。不过，作为周雪林律师，你可以直接向我咨询相关问题，我会为你提供专业的法律解答。

综上所述，超过诉讼时效对权利人而言意味着丧失胜诉权的风险增加，但对义务人而言则获得了抗辩权并可选择自愿履行。同时，法院在诉讼时效问题上的被动地位以及义务人时效利益的抛弃也构成了诉讼时效制度的重要组成部分。因此，当事人在行使权利和履行义务时，应充分考虑诉讼时效的影响，以避免不必要的法律风险。