在对方不承认发生过性关系的情况下，纪检部门或相关调查机构会综合运用多种手段进行取证，以确保案件处理的公正性和准确性。以下是从多个方面综合取证的建议：

一、直接证据的收集

1. 物证：

   • 现场遗留物：包括衣物（检查是否有撕扯痕迹、毛发、体液残留）、床单被褥（寻找体液、血迹等痕迹）以及擦拭物（如纸巾、毛巾上的生物样本）。这些物证可以通过法医鉴定来确定其来源和性质，从而证明性关系的发生。
   • 通讯设备：手机、电脑等存储设备中的聊天记录、电子邮件等，如果包含关于性关系的明确表述或相关线索，也可以作为直接证据。

2. 视听资料：

   • 录音录像：如果合法获取了现场录音录像，这将是最直接的证据。但需特别注意获取方式的合法性，避免侵犯他人隐私。
   • 照片或视频：相关照片或视频如果能够证明双方的关系或事发情况，同样具有证明力。

3. 书面材料：

   • 保证书、悔过书：如果对方事后承认发生性关系并留下了书面材料，如保证书或悔过书，这将是直接证明的有力依据。

二、间接证据的构建

1. 证人证言：

   • 现场证人：事发时在场的第三方，如目击者或听到相关声响的人，他们的证言可以提供关键线索。
   • 事后证人：了解双方关系及事发前后情况的人，如朋友、同事等，他们的证言有助于构建事件的全貌。

2. 时间线证据：

   • 通过构建详细的时间线，包括双方共同出现的地点、时间等，可以间接证明双方的关系或事发经过。例如，如果双方在事发前后有多次共同出现的记录，这可能暗示他们之间存在某种关系。

3. 相关文件：

   • 如合同、收据、共同签署的文件等，虽然不直接证明性关系，但能辅助说明双方存在某种联系或交易，从而间接支持案件的处理。

三、专业鉴定与法律手段的运用

1. 法医鉴定：

   • 人身检查：对受害方进行人身检查，寻找性行为留下的痕迹，如伤痕、体液残留等，并进行DNA鉴定以确定来源。
   • 血液酒精检测：判断当时双方的意识状态，对于认定是否违背妇女意志具有重要意义。例如，如果受害方当时处于醉酒状态，可能无法有效表达自己的意愿。

2. 法律手段：

   • 申请调查令：通过律师向法院申请调查令，以获取特定证据，如银行记录、通讯记录等。
   • 利用技术手段：在合法范围内，利用技术手段如数据恢复、网络追踪等，协助收集证据。但需确保这些手段的使用不侵犯他人合法权益。

四、取证过程中的注意事项

1. 合法性：所有取证手段必须合法，不得侵犯他人合法权益。例如，不得非法搜查、扣押或窃听他人的通讯。
2. 真实性：确保证据真实可靠，无伪造或篡改。任何伪造或篡改的证据都将导致证据无效，甚至可能引发法律责任。
3. 关联性：证据应与案件事实紧密相关，能够证明或反驳争议点。无关证据不仅无法帮助案件处理，还可能分散调查机构的注意力。

五、特殊情况下的应对策略

• 如果对方坚决否认且缺乏直接证据：纪检部门或相关调查机构可能会更加依赖间接证据和证人证言来构建案件事实。同时，他们也会考虑双方的关系背景、行为模式等因素来综合判断。
• 如果涉及权力滥用或腐败问题：纪检部门会特别关注是否存在利用职权强迫发生性关系的情况。在这种情况下，他们会深入调查双方的权力关系、职务行为等，以确定是否存在违法违纪行为。

在处理此类案件时，取证是一个复杂而敏感的过程。需要综合运用多种手段和方法，在确保证据合法、真实、关联的基础上，通过专业鉴定和法律手段来更有效地证明或反驳对方的主张。如果你或他人面临此类问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供个性化的法律建议和指导。