三方协议中违约金超过5000元是否合法，需根据具体情况综合判断，不能一概而论。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法律依据与违约金上限

1. 《民法典》的相关规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
   • 约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

2. 特定情形下的限制：

   • 对于应届毕业生不履行三方协议的情况，虽然法律没有明确规定违约金的具体上限，但通常认为最高违约金不应超过用人单位为招聘该毕业生所支付的实际成本及毕业生违约可能给用人单位造成的合理预期损失范围。在实践中，5000元常被视为一个参考上限，但并非绝对标准。
   • 企业不履行协议时，同样适用此原则，即违约金数额应合理，不应过分高于实际损失。

二、协议约定的有效性

1. 自愿平等原则：

   • 如果三方协议中明确约定了违约金的数额，且该约定是在双方自愿、平等的基础上达成的，不违反法律法规的强制性规定，那么从形式上看，该约定是有效的。

2. 调整可能性：

   • 即使协议中有明确约定，如果违约金数额明显过高，超出了因违约行为可能造成的损失，违约方在诉讼或仲裁过程中仍可以请求法院或仲裁机构适当减少违约金数额。法院或仲裁机构在判断时，会综合考虑违约行为的性质、违约方的过错程度以及守约方的实际损失等因素。

三、实际损失与公平原则

1. 实际损失考量：

   • 法院在判断违约金是否过高时，会重点考量违约行为给守约方造成的实际损失。如果违约金数额远高于实际损失，可能被视为不合理。

2. 公平原则：

   • 违约金的约定应遵循公平原则，即违约金数额应与违约造成的损失相匹配。过高的违约金可能导致不公平的结果，影响毕业生的就业选择和权益。

四、行业惯例与交易习惯

• 在某些行业或特定领域，可能存在普遍认可的违约金标准。如果5000元以上的违约金在该行业内是常见且合理的，结合其他因素，这种约定也可能被认定为合法。但行业惯例和交易习惯并非决定性因素，仍需结合具体案例情况进行分析。

五、实例分析

• 假设毕业生违约导致用人单位不得不重新招聘，并因此多支出了6000元招聘成本，那么约定5000元以上的违约金可能被认为合理。
• 相反，如果毕业生违约并未给用人单位带来实质性经济损失，只是轻微影响工作安排，那么过高的违约金约定可能不会得到支持。

六、建议与总结

1. 签订协议前的建议：

   • 在签订三方协议前，各方应仔细审查违约金条款，确保其符合法律法规的要求，并且数额合理、违约情形明确。
   • 毕业生应了解用人单位的实际成本和预期损失，避免盲目接受过高的违约金条款。

2. 纠纷处理建议：

   • 如遇违约金纠纷，建议首先与对方进行协商，寻求和解。
   • 若协商不成，可通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自身权益。在诉讼或仲裁过程中，应提供充分证据证明违约金数额的不合理性。

总结：三方协议中违约金超过5000元是否合法，需根据协议内容、违约金合理性、实际损失及法律法规等因素综合判断。在签订协议时，建议各方充分协商并明确违约金条款；在面临纠纷时，应及时寻求法律帮助以维护自身权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。