结论：只盖公章没有法人签字的协议，其有效性需根据具体情况综合判断。在符合相关法律法规、双方意思表示真实，且不存在违反强制性规定或违背公序良俗等情形下，该协议通常有效。但特定情况下，如公章被伪造或盗用、合同存在法定无效事由或合同约定了特别生效条件等，该协议可能无效。

协议有效的情况

1. 公章的法定效力：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同在加盖公章后，通常视为公司对合同内容的认可和承诺。公章作为公司对外意思表示的重要凭证，具有代表公司的法定效力。因此，即使没有法人签字，只要合同上加盖了公司公章，且合同内容合法合规，该协议通常依法成立并生效。

2. 符合交易习惯或授权：

   • 在商业实践中，如果双方根据交易习惯或以往合作模式，认可仅加盖公章即可使合同生效，那么此类协议有效。
   • 若公司内部有明确规定，授权特定人员使用公章签订合同，则此类协议同样有效，无需法人额外签字。

3. 履行治愈规则：

   • 在签名、盖章之前，如一方已履行主要义务且对方接受，该协议也被视为已成立。即实际履行可以弥补形式上的不足，使得仅盖公章的协议也具有法律效力。

协议可能无效的情况

1. 公章被伪造或盗用：

   • 如果公章被他人伪造或盗用后加盖在协议上，且公司对此并不知情且未追认，则该协议无效。因为此时的盖章行为并非公司的真实意思表示，不能代表公司对外订立合同。

2. 存在法定无效事由：

   • 协议内容若违反法律法规的强制性规定，如涉及非法活动或严重损害社会公共利益，即使加盖了公章，该协议也无效。
   • 若协议存在恶意串通、损害国家、集体或第三人利益等法定无效情形，同样会导致协议无效。

3. 协议约定特别生效条件：

   • 当事人在协议中特别约定了协议必须在签字并加盖公章后才生效的情况下，仅有公章而没有法人签名的协议不会生效。这是尊重当事人意思自治的体现，也是合同自由原则的具体应用。

建议与注意事项

• 加强公章管理：公司应建立健全公章管理制度，明确公章的使用范围、审批程序和保管责任，防止公章被滥用或盗用。
• 明确生效条件：在签订协议时，双方应明确约定协议的生效条件，如是否需要法人签字、盖章或按指印等，以避免因形式要件缺失而引发的纠纷。
• 审查协议内容：在签订协议前，双方应仔细审查协议内容，确保协议内容合法合规、条款清晰明确，避免因协议内容违法或存在歧义而导致的无效风险。
• 保留相关证据：在协议履行过程中，双方应保留好与协议相关的证据材料，如沟通记录、履行凭证等，以便在发生纠纷时能够提供充分的证据支持自己的主张。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。